More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4403 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  55.04 
 
 		 624 aa  661    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  55.5 
 
 		 640 aa  646    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  56.53 
 
 		 589 aa  665    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  55.07 
 
 		 633 aa  672    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  55.57 
 
 		 671 aa  663    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  61.54 
 
 		 626 aa  764    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  56.16 
 
 		 633 aa  645    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  54.8 
 
 		 626 aa  663    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  54.31 
 
 		 630 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  70.66 
 
 		 619 aa  929    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  71.64 
 
 		 618 aa  944    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  72.29 
 
 		 619 aa  940    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 617 aa  1261    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  54.34 
 
 		 627 aa  642    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  53.68 
 
 		 635 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  52.85 
 
 		 631 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  56.27 
 
 		 589 aa  628  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  55.84 
 
 		 648 aa  628  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  52.22 
 
 		 628 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  51.89 
 
 		 630 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  51.56 
 
 		 635 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  52.61 
 
 		 633 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  52.61 
 
 		 633 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  51.01 
 
 		 609 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  50.74 
 
 		 632 aa  591  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  48.18 
 
 		 606 aa  576  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  51.98 
 
 		 618 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  51.98 
 
 		 618 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  43.57 
 
 		 617 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  44.35 
 
 		 643 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  45.54 
 
 		 625 aa  492  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  45.86 
 
 		 618 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  44.59 
 
 		 611 aa  479  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  45.84 
 
 		 617 aa  480  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  42.04 
 
 		 618 aa  456  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  45.23 
 
 		 624 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  41.59 
 
 		 599 aa  438  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  41.63 
 
 		 624 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  41.73 
 
 		 624 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  39.6 
 
 		 619 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  42.95 
 
 		 622 aa  425  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  42.69 
 
 		 605 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  43.01 
 
 		 631 aa  423  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  40.07 
 
 		 573 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  39.41 
 
 		 631 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  40.31 
 
 		 629 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  41.29 
 
 		 620 aa  395  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  38.76 
 
 		 627 aa  389  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  37.26 
 
 		 626 aa  348  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  36.2 
 
 		 603 aa  340  5.9999999999999996e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  50.19 
 
 		 279 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 560 aa  225  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  24.7 
 
 		 592 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  26 
 
 		 630 aa  126  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 		 606 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.55 
 
 		 610 aa  124  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  23.25 
 
 		 590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  23.84 
 
 		 587 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 567 aa  122  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  24.25 
 
 		 598 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 606 aa  120  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 		 606 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  24.07 
 
 		 612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  24.67 
 
 		 633 aa  117  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  23.56 
 
 		 596 aa  117  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  23.75 
 
 		 607 aa  114  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  22.8 
 
 		 610 aa  112  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  24.69 
 
 		 604 aa  110  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  23.1 
 
 		 597 aa  110  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  23.93 
 
 		 592 aa  110  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 528 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  25.04 
 
 		 546 aa  109  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 		 903 aa  109  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  22.42 
 
 		 555 aa  108  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  30.23 
 
 		 527 aa  107  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  25.62 
 
 		 607 aa  106  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  22.77 
 
 		 598 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  22.41 
 
 		 610 aa  106  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  23.87 
 
 		 612 aa  106  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  22.64 
 
 		 598 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  23.66 
 
 		 554 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  24.07 
 
 		 554 aa  104  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  22.1 
 
 		 555 aa  104  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  24.39 
 
 		 600 aa  104  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  23.66 
 
 		 554 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 508 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  25.05 
 
 		 551 aa  104  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_54151  long chain acyl-CoA synthetase  23.95 
 
 		 702 aa  104  6e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1145  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  22.63 
 
 		 607 aa  103  7e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2510  AMP-dependent synthetase and ligase  24.87 
 
 		 1549 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 		 620 aa  103  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  24.37 
 
 		 554 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  24.37 
 
 		 554 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.7 
 
 		 563 aa  102  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 		 505 aa  102  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  24.96 
 
 		 551 aa  102  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  21.81 
 
 		 597 aa  102  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  21.45 
 
 		 598 aa  102  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  22.75 
 
 		 610 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  25.33 
 
 		 605 aa  102  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>