More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1989 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 631 aa  1286    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  72.77 
 
 		 609 aa  921    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  88.73 
 
 		 630 aa  1136    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  88.11 
 
 		 635 aa  1140    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  53.74 
 
 		 626 aa  620  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  52.85 
 
 		 617 aa  620  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  50.41 
 
 		 619 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  51.49 
 
 		 619 aa  607  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  48.29 
 
 		 617 aa  604  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  49.84 
 
 		 618 aa  601  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  49.67 
 
 		 624 aa  580  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  47.94 
 
 		 606 aa  573  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  46.93 
 
 		 633 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  48.49 
 
 		 626 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  50.61 
 
 		 640 aa  567  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  48.83 
 
 		 627 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  47.95 
 
 		 589 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  48.05 
 
 		 648 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  49.06 
 
 		 589 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  50.5 
 
 		 671 aa  557  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  48.31 
 
 		 633 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  48.4 
 
 		 635 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  48.33 
 
 		 630 aa  545  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  47.99 
 
 		 628 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  47.99 
 
 		 633 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  47.99 
 
 		 633 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  46.73 
 
 		 625 aa  536  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  47.55 
 
 		 632 aa  522  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  43.8 
 
 		 643 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  45.39 
 
 		 617 aa  508  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  47.13 
 
 		 611 aa  499  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  47.27 
 
 		 618 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  47.27 
 
 		 618 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  42.37 
 
 		 618 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  44.26 
 
 		 618 aa  468  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  44.11 
 
 		 631 aa  461  9.999999999999999e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  42.49 
 
 		 620 aa  444  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  43.4 
 
 		 605 aa  445  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  41.86 
 
 		 624 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  42.01 
 
 		 599 aa  435  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  40.51 
 
 		 624 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  42.39 
 
 		 622 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  40.78 
 
 		 624 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  40.53 
 
 		 629 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  38.63 
 
 		 619 aa  418  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  40.67 
 
 		 573 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  38.22 
 
 		 631 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  36.74 
 
 		 627 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  37.1 
 
 		 626 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  35.89 
 
 		 603 aa  355  8.999999999999999e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  46.59 
 
 		 279 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 		 560 aa  216  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  24.46 
 
 		 592 aa  127  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  25.46 
 
 		 617 aa  121  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  24.06 
 
 		 590 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  24.71 
 
 		 607 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 		 607 aa  117  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  25.33 
 
 		 606 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  25.51 
 
 		 598 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  25.2 
 
 		 606 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  24.13 
 
 		 612 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  23.99 
 
 		 630 aa  112  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  22.83 
 
 		 587 aa  110  6e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  28.54 
 
 		 510 aa  108  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0835  feruloyl-CoA synthetase  45.14 
 
 		 312 aa  108  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  24.56 
 
 		 612 aa  108  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  24.67 
 
 		 679 aa  107  5e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  24.3 
 
 		 607 aa  107  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  26.03 
 
 		 620 aa  107  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.67 
 
 		 563 aa  107  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  23.18 
 
 		 610 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2243  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 		 562 aa  104  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.868297 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  23.96 
 
 		 600 aa  104  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  23.71 
 
 		 598 aa  104  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  23.88 
 
 		 598 aa  103  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  20.74 
 
 		 602 aa  103  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  23.48 
 
 		 598 aa  103  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  24.59 
 
 		 649 aa  103  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  22.9 
 
 		 610 aa  103  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0193  AMP-binding enzyme family protein  24.73 
 
 		 564 aa  103  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  23.99 
 
 		 601 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  23.75 
 
 		 601 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  23.82 
 
 		 601 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  24.77 
 
 		 633 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  23.75 
 
 		 601 aa  101  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  23.57 
 
 		 598 aa  100  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  27.12 
 
 		 527 aa  100  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.72 
 
 		 610 aa  100  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  23.24 
 
 		 606 aa  100  9e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 		 527 aa  100  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  21.37 
 
 		 601 aa  99.8  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  24.38 
 
 		 647 aa  99  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  23.65 
 
 		 604 aa  99  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  23.72 
 
 		 592 aa  97.8  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 		 572 aa  97.8  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.775315  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  24.12 
 
 		 559 aa  97.4  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2397  benzoate-CoA ligase family  25.66 
 
 		 501 aa  97.1  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  24.63 
 
 		 701 aa  96.7  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  22.51 
 
 		 663 aa  96.7  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>