More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1887 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  91.11 
 
 		 630 aa  1172    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  88.11 
 
 		 631 aa  1134    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 635 aa  1290    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  71.78 
 
 		 609 aa  912    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  53.68 
 
 		 617 aa  623  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  52.58 
 
 		 626 aa  609  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  47.33 
 
 		 617 aa  596  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  50.25 
 
 		 619 aa  596  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  50.91 
 
 		 619 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  50.5 
 
 		 624 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  49.33 
 
 		 627 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  49.5 
 
 		 626 aa  580  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  49.02 
 
 		 618 aa  581  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  48.26 
 
 		 633 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  49.84 
 
 		 640 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  49.23 
 
 		 589 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  49.41 
 
 		 648 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  50 
 
 		 589 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  50.59 
 
 		 671 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  46.37 
 
 		 606 aa  556  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  48.22 
 
 		 630 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  48.46 
 
 		 633 aa  545  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  48.34 
 
 		 628 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  48.32 
 
 		 633 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  48.31 
 
 		 635 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  48.32 
 
 		 633 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  46.62 
 
 		 625 aa  533  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  47.37 
 
 		 632 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  46.37 
 
 		 617 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  44.43 
 
 		 643 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  48.52 
 
 		 611 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  47.69 
 
 		 618 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  47.69 
 
 		 618 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  43 
 
 		 618 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  43.11 
 
 		 618 aa  452  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  43.28 
 
 		 631 aa  451  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  43.32 
 
 		 605 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  42.26 
 
 		 599 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  42.09 
 
 		 624 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  41.53 
 
 		 624 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  40.26 
 
 		 619 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  41.28 
 
 		 620 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  41.99 
 
 		 622 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  40.68 
 
 		 624 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  38.97 
 
 		 631 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  39.37 
 
 		 629 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  41.78 
 
 		 573 aa  412  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  37.58 
 
 		 627 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  37.22 
 
 		 626 aa  392  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  37.07 
 
 		 603 aa  365  1e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  45.65 
 
 		 279 aa  226  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 560 aa  225  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  24.96 
 
 		 592 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0835  feruloyl-CoA synthetase  49.31 
 
 		 312 aa  115  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  24.5 
 
 		 607 aa  115  3e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  23.62 
 
 		 587 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  24.83 
 
 		 617 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  25.67 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  26.39 
 
 		 607 aa  111  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  25.45 
 
 		 606 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  23.69 
 
 		 610 aa  110  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  24.49 
 
 		 598 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  24.52 
 
 		 612 aa  110  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  23.69 
 
 		 590 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  23.7 
 
 		 607 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.54 
 
 		 610 aa  109  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  24.13 
 
 		 598 aa  108  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  24.79 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  26.47 
 
 		 620 aa  106  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  25.08 
 
 		 649 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  24.8 
 
 		 612 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  25.58 
 
 		 630 aa  106  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  24.2 
 
 		 597 aa  103  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2243  AMP-dependent synthetase and ligase  24.72 
 
 		 562 aa  103  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.868297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  23.7 
 
 		 598 aa  102  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  27.92 
 
 		 510 aa  99.8  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  23.46 
 
 		 679 aa  99.8  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  23.26 
 
 		 610 aa  100  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  24.46 
 
 		 598 aa  99.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  23.48 
 
 		 598 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  23.89 
 
 		 553 aa  99  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  24.27 
 
 		 633 aa  99.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  23.48 
 
 		 598 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  28.27 
 
 		 620 aa  99.4  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 		 604 aa  99.4  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  23.48 
 
 		 553 aa  98.6  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  23.04 
 
 		 598 aa  98.6  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.77 
 
 		 563 aa  98.2  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  22.53 
 
 		 606 aa  97.8  5e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  22.27 
 
 		 596 aa  97.4  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  26.12 
 
 		 527 aa  97.8  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  23.81 
 
 		 601 aa  97.4  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0660  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.05 
 
 		 645 aa  97.1  8e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711243  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 		 572 aa  97.1  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.775315  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2310  thioester reductase domain-containing protein  25.46 
 
 		 1174 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.992099 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  23.65 
 
 		 601 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  23.65 
 
 		 601 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  23.34 
 
 		 597 aa  96.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  23.25 
 
 		 551 aa  96.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>