More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1907 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  50.89 
 
 		 618 aa  648    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  77.37 
 
 		 622 aa  972    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  92.31 
 
 		 624 aa  1144    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  87.5 
 
 		 624 aa  1123    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 624 aa  1284    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  46.17 
 
 		 618 aa  541  9.999999999999999e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  46.82 
 
 		 620 aa  535  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  44.5 
 
 		 617 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  44.1 
 
 		 625 aa  474  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  44.1 
 
 		 626 aa  467  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  42.08 
 
 		 619 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  43.23 
 
 		 631 aa  463  1e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  42.12 
 
 		 606 aa  464  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  44.13 
 
 		 630 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  42.23 
 
 		 609 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  43.87 
 
 		 635 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  44.37 
 
 		 589 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  39.03 
 
 		 617 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  41.35 
 
 		 629 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  43.56 
 
 		 628 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  42.44 
 
 		 627 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  40.98 
 
 		 631 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  41.86 
 
 		 630 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  41.41 
 
 		 619 aa  458  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  42.62 
 
 		 648 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  43.42 
 
 		 626 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  43.92 
 
 		 633 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  40.58 
 
 		 619 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  40.84 
 
 		 603 aa  454  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  41.69 
 
 		 635 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  41.23 
 
 		 631 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  43.87 
 
 		 633 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  43.87 
 
 		 633 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  41.29 
 
 		 599 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  42.62 
 
 		 671 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  41.89 
 
 		 626 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  41.12 
 
 		 633 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  40.35 
 
 		 627 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  39.8 
 
 		 643 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  43.61 
 
 		 611 aa  442  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  41.79 
 
 		 617 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  40.95 
 
 		 605 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  40.36 
 
 		 624 aa  432  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  42.52 
 
 		 632 aa  430  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  42 
 
 		 640 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  41.62 
 
 		 589 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  41.37 
 
 		 618 aa  423  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  42.51 
 
 		 618 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  42.51 
 
 		 618 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  36.52 
 
 		 573 aa  372  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  41.94 
 
 		 279 aa  207  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  28.96 
 
 		 560 aa  137  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  24.19 
 
 		 590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  25.24 
 
 		 630 aa  127  9e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  23.19 
 
 		 587 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  23.28 
 
 		 602 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  23.35 
 
 		 592 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  24.01 
 
 		 633 aa  115  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.03 
 
 		 602 aa  115  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  25.19 
 
 		 612 aa  114  6e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  24.11 
 
 		 592 aa  113  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  21.34 
 
 		 598 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.81 
 
 		 513 aa  110  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  23.55 
 
 		 633 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.15 
 
 		 601 aa  105  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  22.3 
 
 		 596 aa  104  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  22.81 
 
 		 601 aa  103  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  27.34 
 
 		 508 aa  103  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  24.53 
 
 		 547 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  23.75 
 
 		 604 aa  102  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  21 
 
 		 601 aa  102  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  21.58 
 
 		 601 aa  102  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  23.83 
 
 		 617 aa  100  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  22.83 
 
 		 597 aa  100  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  27.98 
 
 		 557 aa  100  8e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  25.36 
 
 		 610 aa  100  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  22.83 
 
 		 597 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  22.83 
 
 		 597 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 567 aa  99.4  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  21.97 
 
 		 597 aa  99.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0339  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 		 639 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.987694 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  21.2 
 
 		 679 aa  99  3e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0332  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 		 639 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 		 567 aa  98.2  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 903 aa  97.8  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  31.23 
 
 		 506 aa  97.8  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  22.64 
 
 		 594 aa  97.4  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  22.47 
 
 		 555 aa  97.1  8e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  22.47 
 
 		 555 aa  97.1  8e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  24.14 
 
 		 682 aa  97.1  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  24.03 
 
 		 554 aa  97.1  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  23.98 
 
 		 606 aa  96.3  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  21.64 
 
 		 601 aa  96.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  24.3 
 
 		 644 aa  96.7  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  24.03 
 
 		 554 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  25.09 
 
 		 597 aa  96.7  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  22.26 
 
 		 601 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  22.08 
 
 		 598 aa  95.5  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 5154 aa  96.3  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  22.57 
 
 		 601 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>