More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5463 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4595  feruloyl-CoA synthase  94.44 
 
 		 628 aa  1170    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29967  hitchhiker  0.00184939 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5463  feruloyl-CoA synthase  100 
 
 		 630 aa  1271    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.498591 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3356  feruloyl-CoA synthase  59.28 
 
 		 589 aa  686    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0227  feruloyl-CoA synthase  62.62 
 
 		 624 aa  754    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2402  feruloyl-CoA synthase  57.05 
 
 		 648 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2941  feruloyl-CoA-synthetase  58.87 
 
 		 589 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2049  feruloyl-CoA synthase  56.91 
 
 		 627 aa  684    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0087834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3212  feruloyl-CoA synthase  70.4 
 
 		 640 aa  855    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0164593 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2726  feruloyl-CoA synthase  58.4 
 
 		 633 aa  699    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0855511  normal  0.884333 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1069  feruloyl-CoA synthase  76.18 
 
 		 618 aa  892    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405771  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4868  feruloyl-CoA synthase  66.11 
 
 		 671 aa  794    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178876  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14250  feruloyl-CoA synthase  58.5 
 
 		 626 aa  689    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150402  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2363  feruloyl-CoA synthase  76.35 
 
 		 618 aa  894    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.455197  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0052  feruloyl-CoA synthase  92.06 
 
 		 632 aa  1121    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.423977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4024  feruloyl-CoA synthase  67.05 
 
 		 633 aa  848    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0243699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5225  feruloyl-CoA synthase  94.84 
 
 		 633 aa  1124    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0993  feruloyl-CoA synthase  55.46 
 
 		 626 aa  657    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4914  feruloyl-CoA synthase  98.1 
 
 		 635 aa  1251    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.813923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5634  feruloyl-CoA synthase  94.84 
 
 		 633 aa  1124    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963317  decreased coverage  0.000306269 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4403  feruloyl-CoA synthase  50.91 
 
 		 617 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0273  feruloyl-CoA synthase  48.93 
 
 		 619 aa  589  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0855092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3112  feruloyl-CoA synthase  49.92 
 
 		 619 aa  580  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0796  feruloyl-CoA synthase  48.19 
 
 		 618 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3577  feruloyl-CoA synthase  49.09 
 
 		 630 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426843  normal  0.363702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  47.61 
 
 		 606 aa  550  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1989  feruloyl-CoA synthase  48.33 
 
 		 631 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0490282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7092  feruloyl-CoA synthase  46.17 
 
 		 609 aa  544  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1887  feruloyl-CoA synthase  48.24 
 
 		 635 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.652828 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3017  feruloyl-CoA synthase  43.61 
 
 		 617 aa  518  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.144326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6949  feruloyl-CoA synthase  46.49 
 
 		 617 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0753  acyl-CoA synthetase  44.01 
 
 		 618 aa  476  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6831  acyl-CoA synthetase  44.87 
 
 		 643 aa  475  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2493  feruloyl-CoA synthase  43.53 
 
 		 625 aa  455  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.621616  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3607  acyl-CoA synthetase  43.8 
 
 		 624 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.924205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0834  putative feruloyl-CoA synthetase  78.49 
 
 		 279 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3240  feruloyl-CoA synthase  42.06 
 
 		 599 aa  443  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0559816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1907  acyl-CoA synthetase  44.13 
 
 		 624 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0743337  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  45.87 
 
 		 631 aa  437  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.536518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1686  acyl-CoA synthetase  43.62 
 
 		 624 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7119  acyl-CoA synthetase  44.46 
 
 		 622 aa  432  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.616536 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0285  feruloyl-CoA synthase  45.05 
 
 		 611 aa  430  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42140  feruloyl-CoA synthase  41.2 
 
 		 619 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0829749  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1661  acyl-CoA synthetase  41.89 
 
 		 618 aa  428  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.911989  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0071  feruloyl-CoA synthase  43.38 
 
 		 605 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.687661  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4165  feruloyl-CoA synthase  38.56 
 
 		 627 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0463455  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5023  feruloyl-CoA synthase  40.69 
 
 		 631 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0325533  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4340  acyl-CoA synthetase  38.28 
 
 		 620 aa  392  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5153  acyl-CoA synthetase  41.01 
 
 		 629 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0667  feruloyl-CoA synthase  38.07 
 
 		 573 aa  379  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.139624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4356  feruloyl-CoA synthase  39.44 
 
 		 603 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2723  feruloyl-CoA synthase  36.59 
 
 		 626 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 560 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0288288  normal  0.52603 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0835  feruloyl-CoA synthetase  75.51 
 
 		 312 aa  203  8e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  26.55 
 
 		 630 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  26.31 
 
 		 606 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  25.86 
 
 		 606 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  25.99 
 
 		 622 aa  128  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  23.71 
 
 		 590 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  25.82 
 
 		 606 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  24.21 
 
 		 592 aa  115  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  26.01 
 
 		 607 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.12 
 
 		 557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.12 
 
 		 557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  21.01 
 
 		 610 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  25.17 
 
 		 617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 		 633 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.12 
 
 		 557 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.44 
 
 		 557 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.29 
 
 		 557 aa  110  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.71 
 
 		 557 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.44 
 
 		 557 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  23.34 
 
 		 599 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.23 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.92 
 
 		 557 aa  109  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  22.28 
 
 		 587 aa  108  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  25.16 
 
 		 607 aa  108  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.31 
 
 		 610 aa  108  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  24.01 
 
 		 649 aa  108  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  24.84 
 
 		 604 aa  108  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.12 
 
 		 557 aa  107  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.77 
 
 		 557 aa  107  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  22.74 
 
 		 607 aa  106  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.94 
 
 		 562 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0052  AMP-dependent synthetase and ligase  27.62 
 
 		 903 aa  106  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.46 
 
 		 558 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.85 
 
 		 601 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  23.44 
 
 		 609 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  24.14 
 
 		 610 aa  106  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  24.47 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  24.8 
 
 		 597 aa  105  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  24.75 
 
 		 600 aa  103  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.49 
 
 		 558 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 557 aa  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  24.72 
 
 		 616 aa  103  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  26.09 
 
 		 596 aa  102  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  23.17 
 
 		 555 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.57 
 
 		 557 aa  102  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2216  AMP-dependent synthetase and ligase  29 
 
 		 825 aa  102  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.108926  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  24.52 
 
 		 599 aa  101  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  25.13 
 
 		 567 aa  101  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>