More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2110 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  68.88 
 
 
561 aa  798    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  68.71 
 
 
583 aa  796    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.79 
 
 
563 aa  638    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  60.87 
 
 
550 aa  711    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.03 
 
 
572 aa  786    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.78 
 
 
551 aa  711    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  84.02 
 
 
557 aa  964    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  84.14 
 
 
557 aa  983    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.71 
 
 
583 aa  796    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  66.97 
 
 
567 aa  786    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  68.88 
 
 
561 aa  798    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.18 
 
 
553 aa  650    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.176827  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.35 
 
 
563 aa  814    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.92 
 
 
558 aa  958    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.31 
 
 
572 aa  786    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  55.4 
 
 
569 aa  665    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  55.22 
 
 
569 aa  664    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.88 
 
 
561 aa  798    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  58.77 
 
 
558 aa  659    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.88 
 
 
561 aa  798    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.88 
 
 
561 aa  798    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  57.97 
 
 
553 aa  686    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  66.61 
 
 
569 aa  779    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.3 
 
 
557 aa  978    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.12 
 
 
557 aa  979    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  57.76 
 
 
560 aa  680    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.34 
 
 
562 aa  817    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2263  AMP-dependent synthetase and ligase  53.65 
 
 
558 aa  659    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.694237  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  54.48 
 
 
584 aa  644    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.16 
 
 
577 aa  816    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
557 aa  1149    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.63 
 
 
561 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.63 
 
 
561 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.63 
 
 
561 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.54 
 
 
563 aa  808    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  55.73 
 
 
601 aa  636    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.63 
 
 
561 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.88 
 
 
561 aa  798    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  91.92 
 
 
557 aa  1068    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.12 
 
 
557 aa  979    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  58.08 
 
 
553 aa  675    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.61 
 
 
557 aa  952    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.83 
 
 
561 aa  795    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.63 
 
 
561 aa  780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.81 
 
 
572 aa  783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.27 
 
 
573 aa  819    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.34 
 
 
562 aa  817    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.44 
 
 
560 aa  643    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.12 
 
 
557 aa  978    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  54.84 
 
 
584 aa  646    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  54.3 
 
 
584 aa  639    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  61.48 
 
 
552 aa  713    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  54.84 
 
 
584 aa  646    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.44 
 
 
560 aa  719    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.69 
 
 
563 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.3 
 
 
557 aa  975    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.48 
 
 
557 aa  977    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  87.07 
 
 
557 aa  1019    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1606  AMP-dependent synthetase and ligase  53.47 
 
 
558 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016837  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.69 
 
 
557 aa  961    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  56.73 
 
 
556 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2409  AMP-dependent synthetase and ligase  54.97 
 
 
554 aa  640    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0704611  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  54.68 
 
 
584 aa  644    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  54.48 
 
 
586 aa  643    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  87.93 
 
 
555 aa  1021    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  54.84 
 
 
584 aa  646    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.81 
 
 
566 aa  807    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.84 
 
 
557 aa  982    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.54 
 
 
572 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.44 
 
 
561 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  54.86 
 
 
599 aa  634  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3775  AMP-dependent synthetase and ligase  55.42 
 
 
564 aa  629  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.44 
 
 
561 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  55 
 
 
604 aa  629  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  54.22 
 
 
579 aa  626  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.74 
 
 
567 aa  627  1e-178  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  54.04 
 
 
579 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.01 
 
 
560 aa  623  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.24 
 
 
558 aa  623  1e-177  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.3 
 
 
560 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.69 
 
 
569 aa  621  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.34 
 
 
569 aa  618  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.86 
 
 
557 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.69 
 
 
569 aa  615  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.42 
 
 
554 aa  615  1e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.68 
 
 
557 aa  617  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.51 
 
 
581 aa  613  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.96 
 
 
557 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.96 
 
 
557 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.5 
 
 
557 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0222  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  54.95 
 
 
569 aa  613  9.999999999999999e-175  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.32 
 
 
557 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1803  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.94 
 
 
590 aa  608  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.911304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.98 
 
 
562 aa  609  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  610  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  54.04 
 
 
559 aa  608  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>