More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2254 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  69.55 
 
 
561 aa  803    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  69.87 
 
 
583 aa  802    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.09 
 
 
569 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.96 
 
 
551 aa  714    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  94.61 
 
 
557 aa  1096    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  68.54 
 
 
569 aa  801    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  97.67 
 
 
557 aa  1104    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.87 
 
 
583 aa  802    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.07 
 
 
562 aa  820    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  94.96 
 
 
557 aa  1103    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.83 
 
 
561 aa  793    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.91 
 
 
553 aa  647    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.176827  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  94.08 
 
 
557 aa  1092    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.83 
 
 
561 aa  793    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  59.71 
 
 
553 aa  686    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  56.73 
 
 
569 aa  669    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  56.55 
 
 
569 aa  669    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 
584 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.55 
 
 
561 aa  803    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2263  AMP-dependent synthetase and ligase  56.26 
 
 
558 aa  681    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.694237  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  59.42 
 
 
553 aa  693    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  85.64 
 
 
557 aa  1004    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  94.25 
 
 
557 aa  1091    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.94 
 
 
560 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.33 
 
 
567 aa  648    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.83 
 
 
561 aa  793    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  55.35 
 
 
567 aa  637    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  61.41 
 
 
550 aa  717    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.55 
 
 
561 aa  803    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  72.3 
 
 
573 aa  835    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.43 
 
 
563 aa  847    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  55.2 
 
 
584 aa  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.89 
 
 
577 aa  820    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 
584 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  86.98 
 
 
558 aa  1013    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.33 
 
 
572 aa  796    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.06 
 
 
555 aa  976    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.89 
 
 
563 aa  847    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.71 
 
 
572 aa  648    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.78 
 
 
563 aa  656    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 
599 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  61.48 
 
 
558 aa  686    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  60.54 
 
 
560 aa  705    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.55 
 
 
561 aa  803    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.58 
 
 
561 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.21 
 
 
572 aa  791    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  69.55 
 
 
561 aa  803    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.3 
 
 
572 aa  793    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  55.71 
 
 
604 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  88.51 
 
 
557 aa  1039    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.86 
 
 
561 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0222  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  57.25 
 
 
569 aa  640    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.51 
 
 
560 aa  647    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.48 
 
 
557 aa  977    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.42 
 
 
557 aa  979    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.07 
 
 
562 aa  820    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.72 
 
 
560 aa  668    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.92 
 
 
569 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 
584 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.07 
 
 
566 aa  847    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.37 
 
 
561 aa  800    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.83 
 
 
561 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0252  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  57.25 
 
 
569 aa  637    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  61.84 
 
 
552 aa  725    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.83 
 
 
561 aa  793    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.42 
 
 
560 aa  737    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  55.73 
 
 
586 aa  656    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  99.82 
 
 
557 aa  1143    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
557 aa  1145    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.78 
 
 
563 aa  655    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  94.61 
 
 
557 aa  1096    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1606  AMP-dependent synthetase and ligase  55.9 
 
 
558 aa  676    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016837  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  86.36 
 
 
557 aa  1020    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  57.63 
 
 
556 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  55.89 
 
 
601 aa  640    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 
584 aa  652    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  67.63 
 
 
567 aa  791    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.74 
 
 
569 aa  641    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 
584 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.55 
 
 
561 aa  803    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  98.92 
 
 
557 aa  1135    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2409  AMP-dependent synthetase and ligase  53.72 
 
 
554 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0704611  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  55.98 
 
 
549 aa  632  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.78 
 
 
566 aa  631  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  55.48 
 
 
559 aa  630  1e-179  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  53.98 
 
 
579 aa  630  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  55.48 
 
 
559 aa  628  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  55.3 
 
 
572 aa  629  1e-179  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  54.16 
 
 
579 aa  630  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.76 
 
 
557 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.25 
 
 
558 aa  625  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.12 
 
 
557 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.58 
 
 
557 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.76 
 
 
557 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.94 
 
 
557 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.76 
 
 
557 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.83 
 
 
557 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.41 
 
 
563 aa  624  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.76 
 
 
557 aa  624  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.4 
 
 
557 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>