More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3776 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  77.64 
 
 		 568 aa  929    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 598 aa  1248    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  75.46 
 
 		 601 aa  947    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  75.46 
 
 		 601 aa  947    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  76.25 
 
 		 598 aa  949    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  70.97 
 
 		 597 aa  879    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  75.08 
 
 		 598 aa  942    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  75.75 
 
 		 598 aa  971    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  77.72 
 
 		 597 aa  977    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  77.89 
 
 		 597 aa  979    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  72.07 
 
 		 597 aa  918    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  77.89 
 
 		 597 aa  980    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  75.59 
 
 		 598 aa  967    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  68.46 
 
 		 597 aa  857    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  75.46 
 
 		 601 aa  945    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  75.46 
 
 		 601 aa  946    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.26 
 
 		 601 aa  623  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  50.5 
 
 		 602 aa  607  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.17 
 
 		 602 aa  604  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  48.51 
 
 		 611 aa  600  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  49.92 
 
 		 602 aa  593  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  49.66 
 
 		 601 aa  594  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  49.66 
 
 		 601 aa  594  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  49.91 
 
 		 588 aa  587  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  49.75 
 
 		 601 aa  581  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  49.75 
 
 		 601 aa  580  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  48.15 
 
 		 601 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  47.16 
 
 		 599 aa  571  1e-161  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  47.08 
 
 		 601 aa  549  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  43.23 
 
 		 633 aa  486  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1145  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  37.93 
 
 		 607 aa  409  1e-113  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  39.35 
 
 		 587 aa  409  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 603 aa  396  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  38.07 
 
 		 592 aa  390  1e-107  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 607 aa  391  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 603 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.55 
 
 		 610 aa  376  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.07 
 
 		 610 aa  374  1e-102  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 610 aa  373  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 610 aa  372  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 592 aa  369  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  36.3 
 
 		 590 aa  368  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 		 603 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 633 aa  365  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 609 aa  363  7.0000000000000005e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 602 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 610 aa  356  5e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  35.49 
 
 		 598 aa  350  4e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 596 aa  350  6e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 612 aa  347  5e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 		 630 aa  343  8e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 597 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  33.76 
 
 		 594 aa  340  2.9999999999999998e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 663 aa  340  4e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 649 aa  339  9.999999999999999e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 590 aa  338  9.999999999999999e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 607 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 604 aa  336  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 604 aa  335  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 610 aa  334  3e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 592 aa  333  6e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 604 aa  333  7.000000000000001e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 626 aa  330  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 637 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 612 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 		 595 aa  327  4.0000000000000003e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 607 aa  327  5e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 		 592 aa  326  9e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  34.74 
 
 		 599 aa  323  5e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 605 aa  323  6e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 606 aa  323  6e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 599 aa  322  9.999999999999999e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 606 aa  322  9.999999999999999e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 608 aa  322  1.9999999999999998e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16820  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  34.69 
 
 		 603 aa  322  1.9999999999999998e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.255817  normal  0.0373758 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 606 aa  319  7e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 602 aa  317  3e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  32.99 
 
 		 604 aa  317  4e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 622 aa  317  5e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 602 aa  316  9e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.99 
 
 		 618 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 604 aa  314  2.9999999999999996e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 599 aa  314  3.9999999999999997e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 606 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  31 
 
 		 685 aa  313  6.999999999999999e-84  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 603 aa  312  1e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 606 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 623 aa  311  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 622 aa  310  4e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 602 aa  310  4e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 605 aa  310  5e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 617 aa  309  9e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.37 
 
 		 599 aa  309  9e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 597 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.06 
 
 		 611 aa  307  3e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 600 aa  307  3e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 606 aa  306  7e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 599 aa  304  2.0000000000000002e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 597 aa  305  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 597 aa  305  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>