More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2227 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  79.37 
 
 		 552 aa  876    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  73.8 
 
 		 553 aa  840    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  78.83 
 
 		 561 aa  907    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 564 aa  1150    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  78.88 
 
 		 550 aa  878    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  54.89 
 
 		 567 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  50.98 
 
 		 574 aa  504  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.643049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 		 564 aa  388  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  41.51 
 
 		 571 aa  385  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  40.15 
 
 		 554 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  41.37 
 
 		 549 aa  382  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 		 561 aa  370  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  37.39 
 
 		 559 aa  370  1e-101  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  40.29 
 
 		 566 aa  366  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 561 aa  367  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.92 
 
 		 582 aa  368  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.57 
 
 		 561 aa  366  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  39.14 
 
 		 557 aa  368  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.57 
 
 		 561 aa  365  1e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 563 aa  364  2e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 563 aa  364  2e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 582 aa  364  2e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 563 aa  363  3e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 563 aa  363  3e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.1 
 
 		 561 aa  363  5.0000000000000005e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  41.47 
 
 		 554 aa  363  6e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 		 569 aa  360  3e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 539 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 		 551 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.87 
 
 		 561 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 564 aa  348  1e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  37.63 
 
 		 565 aa  345  1e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 549 aa  343  4e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 		 543 aa  330  5.0000000000000004e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.41 
 
 		 585 aa  330  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  37.41 
 
 		 584 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 		 577 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 558 aa  325  1e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 		 510 aa  323  4e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 		 510 aa  322  8e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 510 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.07 
 
 		 512 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.97 
 
 		 514 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 584 aa  321  3e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 583 aa  321  3e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 578 aa  319  7.999999999999999e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.37 
 
 		 510 aa  319  9e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 		 510 aa  319  9e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 579 aa  319  9e-86  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.37 
 
 		 510 aa  319  1e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 		 510 aa  319  1e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.37 
 
 		 510 aa  319  1e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 583 aa  319  1e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 		 510 aa  318  2e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 561 aa  318  2e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.18 
 
 		 510 aa  317  3e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 573 aa  317  3e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 549 aa  317  4e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 577 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 591 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 577 aa  313  4.999999999999999e-84  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 585 aa  310  4e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 		 510 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 		 590 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  37.05 
 
 		 540 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 552 aa  307  3e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  36.61 
 
 		 560 aa  306  6e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.66 
 
 		 554 aa  305  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 544 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 		 559 aa  303  4.0000000000000003e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 555 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 577 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 559 aa  302  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 506 aa  302  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.75 
 
 		 555 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.54 
 
 		 581 aa  301  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  36.47 
 
 		 490 aa  300  4e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.19 
 
 		 557 aa  300  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 662 aa  300  6e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 		 525 aa  299  7e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 559 aa  300  7e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 559 aa  299  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 548 aa  298  1e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4769  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 563 aa  298  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.45 
 
 		 557 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 		 560 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 560 aa  297  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 512 aa  298  3e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.13 
 
 		 557 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 572 aa  296  8e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 560 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 562 aa  295  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.87 
 
 		 557 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.87 
 
 		 557 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 559 aa  293  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.08 
 
 		 569 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.47 
 
 		 561 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  37 
 
 		 510 aa  293  5e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 567 aa  293  7e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.61 
 
 		 557 aa  292  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>