More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1747 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  76.38 
 
 
553 aa  849    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
561 aa  1139    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  79.71 
 
 
564 aa  897    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  87.32 
 
 
550 aa  957    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  89.11 
 
 
552 aa  974    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  57.98 
 
 
567 aa  598  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  50 
 
 
574 aa  488  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.643049  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  43.63 
 
 
564 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  41.4 
 
 
571 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  39.82 
 
 
559 aa  383  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
549 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  40.98 
 
 
554 aa  381  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  39.57 
 
 
557 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 
566 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.73 
 
 
561 aa  366  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 
563 aa  366  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 
563 aa  366  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.74 
 
 
582 aa  368  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 
561 aa  367  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.82 
 
 
561 aa  369  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 
582 aa  365  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.73 
 
 
561 aa  367  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.99 
 
 
561 aa  367  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 
563 aa  365  1e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 
563 aa  365  1e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 
539 aa  362  1e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.64 
 
 
561 aa  361  2e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  37.41 
 
 
569 aa  361  2e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
551 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  41.71 
 
 
554 aa  354  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 
549 aa  344  2.9999999999999997e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 
565 aa  343  5e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  38.82 
 
 
564 aa  339  9e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
585 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  38.7 
 
 
543 aa  335  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 
584 aa  335  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 
585 aa  332  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 
577 aa  330  4e-89  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 
577 aa  329  7e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 
577 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
552 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 
577 aa  327  3e-88  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 
578 aa  326  6e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  36.3 
 
 
591 aa  325  1e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 
584 aa  324  3e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 
558 aa  323  5e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 
583 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 
579 aa  322  9.999999999999999e-87  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 
561 aa  322  9.999999999999999e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 
573 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  36.46 
 
 
590 aa  320  3.9999999999999996e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35 
 
 
554 aa  316  9e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 
510 aa  316  9e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 
559 aa  315  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.26 
 
 
510 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 
510 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 
555 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.4 
 
 
514 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.58 
 
 
510 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.58 
 
 
510 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.58 
 
 
510 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 
510 aa  313  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 
581 aa  312  7.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 
510 aa  312  9e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 
510 aa  312  9e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 
510 aa  312  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 
583 aa  311  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.21 
 
 
568 aa  310  4e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 
512 aa  309  6.999999999999999e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 
561 aa  309  8e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 
559 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 
559 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4769  AMP-dependent synthetase and ligase  37.39 
 
 
563 aa  309  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 
544 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 
549 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 
559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.64 
 
 
560 aa  307  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35 
 
 
512 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 
561 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 
557 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.35 
 
 
561 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.12 
 
 
569 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.42 
 
 
567 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 
557 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.29 
 
 
569 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
521 aa  304  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 
540 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.29 
 
 
563 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 
572 aa  303  7.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 
560 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 
563 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 
557 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 
559 aa  302  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 
557 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 
557 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.02 
 
 
557 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 
565 aa  301  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.11 
 
 
510 aa  300  3e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 
520 aa  301  3e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  36.81 
 
 
560 aa  300  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>