More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0169 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
554 aa  1124    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  47.81 
 
 
564 aa  501  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  47.75 
 
 
554 aa  497  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  46.44 
 
 
571 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  46.04 
 
 
549 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  42.83 
 
 
557 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 
566 aa  428  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.15 
 
 
582 aa  409  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.15 
 
 
561 aa  409  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.34 
 
 
582 aa  409  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  45.45 
 
 
549 aa  412  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.15 
 
 
561 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.34 
 
 
563 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.95 
 
 
563 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.15 
 
 
563 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.34 
 
 
563 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.76 
 
 
561 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 
565 aa  402  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.76 
 
 
561 aa  402  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.43 
 
 
561 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  41.47 
 
 
564 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  42.08 
 
 
552 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  41.71 
 
 
561 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 
567 aa  393  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 
551 aa  392  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  40.92 
 
 
584 aa  386  1e-106  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  41.92 
 
 
539 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 
559 aa  386  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 
550 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 
569 aa  382  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  38.99 
 
 
561 aa  372  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.88 
 
 
573 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  40.9 
 
 
543 aa  371  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  41.12 
 
 
553 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 
591 aa  368  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 
577 aa  366  1e-100  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.05 
 
 
585 aa  364  2e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 
583 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  39.85 
 
 
585 aa  362  8e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  40.19 
 
 
590 aa  362  9e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  38.41 
 
 
584 aa  359  8e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 
564 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  39.68 
 
 
583 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.68 
 
 
583 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  39.68 
 
 
561 aa  356  5e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.68 
 
 
561 aa  356  5e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.68 
 
 
561 aa  356  5e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  39.68 
 
 
561 aa  356  5e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.68 
 
 
561 aa  356  5e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 
577 aa  355  8.999999999999999e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.5 
 
 
561 aa  355  1e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.5 
 
 
561 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  39.57 
 
 
574 aa  352  8e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.643049  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 
577 aa  352  8.999999999999999e-96  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 
578 aa  350  3e-95  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.14 
 
 
568 aa  349  6e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 
577 aa  349  8e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.34 
 
 
583 aa  349  9e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
579 aa  348  2e-94  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 
558 aa  347  4e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  39.38 
 
 
551 aa  345  8.999999999999999e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  41.04 
 
 
553 aa  341  2e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.22 
 
 
573 aa  339  9e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 
510 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 
510 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  39.66 
 
 
549 aa  338  9.999999999999999e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.03 
 
 
569 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 
510 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 
510 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.28 
 
 
572 aa  338  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
510 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.04 
 
 
510 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1185  AMP-dependent synthetase and ligase  39.01 
 
 
569 aa  337  3.9999999999999995e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.609931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.35 
 
 
565 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
510 aa  336  7e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 
510 aa  335  9e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.62 
 
 
557 aa  335  9e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 
565 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
510 aa  335  1e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 
565 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.45 
 
 
521 aa  335  1e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 
565 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.29 
 
 
510 aa  333  4e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.19 
 
 
561 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.19 
 
 
561 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.19 
 
 
561 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.19 
 
 
561 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 
544 aa  333  7.000000000000001e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.19 
 
 
561 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 
512 aa  331  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 
562 aa  332  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
567 aa  330  5.0000000000000004e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.75 
 
 
569 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 
560 aa  330  5.0000000000000004e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.75 
 
 
569 aa  330  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.18 
 
 
562 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.18 
 
 
562 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  37.96 
 
 
604 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.18 
 
 
577 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2192  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 
588 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.899371  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>