More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7073 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  75.32 
 
 		 552 aa  829    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  100 
 
 		 553 aa  1120    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  75.63 
 
 		 561 aa  857    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  73.58 
 
 		 564 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  76.49 
 
 		 550 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  56.41 
 
 		 567 aa  580  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  47.22 
 
 		 574 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.643049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  42.67 
 
 		 554 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  41.54 
 
 		 549 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  40.96 
 
 		 564 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 		 571 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 		 566 aa  364  2e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 557 aa  359  6e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 		 551 aa  354  2e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 		 569 aa  354  2e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 		 539 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 		 582 aa  350  3e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 		 563 aa  350  5e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 		 563 aa  350  5e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 561 aa  349  6e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.32 
 
 		 561 aa  348  2e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.4 
 
 		 561 aa  347  3e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 		 563 aa  347  4e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 		 563 aa  347  4e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.4 
 
 		 561 aa  346  6e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 559 aa  346  6e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.23 
 
 		 582 aa  345  1e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 		 561 aa  345  2e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.86 
 
 		 561 aa  342  1e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  38.8 
 
 		 591 aa  336  7e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 		 590 aa  335  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  40.97 
 
 		 554 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.46 
 
 		 577 aa  331  3e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 584 aa  328  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  37.05 
 
 		 549 aa  328  2.0000000000000001e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 578 aa  326  7e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 		 565 aa  324  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 564 aa  323  7e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 577 aa  320  3e-86  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  37.71 
 
 		 543 aa  317  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 584 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 561 aa  317  5e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 577 aa  316  7e-85  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 559 aa  314  2.9999999999999996e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 		 559 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 579 aa  313  4.999999999999999e-84  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 		 549 aa  312  1e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  311  2e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 520 aa  309  9e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 510 aa  309  9e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 510 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 510 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 510 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 510 aa  307  3e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 510 aa  307  3e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 577 aa  307  3e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 506 aa  307  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.82 
 
 		 510 aa  306  6e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.82 
 
 		 510 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 544 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 585 aa  304  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 559 aa  303  6.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 552 aa  301  1e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  35.98 
 
 		 560 aa  301  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 559 aa  300  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.17 
 
 		 563 aa  300  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.93 
 
 		 561 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 558 aa  298  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 572 aa  297  3e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 521 aa  297  4e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.92 
 
 		 572 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 567 aa  296  7e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 525 aa  296  9e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 585 aa  295  1e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.71 
 
 		 512 aa  295  2e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.29 
 
 		 514 aa  295  2e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.34 
 
 		 555 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 559 aa  293  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 		 512 aa  293  5e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 662 aa  293  6e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 561 aa  293  7e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 583 aa  293  8e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 555 aa  293  8e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.69 
 
 		 563 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.16 
 
 		 560 aa  291  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 583 aa  292  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 510 aa  292  1e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.57 
 
 		 561 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 573 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.75 
 
 		 567 aa  290  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 490 aa  290  7e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 548 aa  289  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.7 
 
 		 566 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 647 aa  288  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.4 
 
 		 557 aa  287  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  36.57 
 
 		 510 aa  286  5e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.62 
 
 		 569 aa  286  8e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>