More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4056 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  55.23 
 
 		 561 aa  640    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  55.23 
 
 		 583 aa  640    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  98.76 
 
 		 565 aa  1159    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.68 
 
 		 562 aa  718    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  55.23 
 
 		 561 aa  640    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.21 
 
 		 562 aa  710    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  85.44 
 
 		 563 aa  1033    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.89 
 
 		 562 aa  689    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  85.08 
 
 		 563 aa  1033    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.68 
 
 		 562 aa  701    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.86 
 
 		 573 aa  638    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.71 
 
 		 567 aa  830    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.58356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  89.38 
 
 		 565 aa  1063    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.07 
 
 		 562 aa  704    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 565 aa  1167    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.68 
 
 		 562 aa  718    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.23 
 
 		 561 aa  640    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.23 
 
 		 583 aa  640    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  97.17 
 
 		 565 aa  1140    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.99 
 
 		 562 aa  725    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.87 
 
 		 561 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.87 
 
 		 561 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.32 
 
 		 562 aa  714    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.87 
 
 		 561 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.37 
 
 		 563 aa  688    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.02 
 
 		 572 aa  643    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.23 
 
 		 561 aa  640    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.72 
 
 		 558 aa  741    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.23 
 
 		 561 aa  640    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  98.58 
 
 		 565 aa  1157    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.87 
 
 		 561 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  58.41 
 
 		 565 aa  673    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.56 
 
 		 562 aa  995    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.23 
 
 		 561 aa  640    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.92 
 
 		 562 aa  999    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.57 
 
 		 562 aa  711    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.74 
 
 		 562 aa  996    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.05 
 
 		 561 aa  638    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.03 
 
 		 562 aa  724    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.69 
 
 		 561 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  56.08 
 
 		 560 aa  630  1e-179  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  53.06 
 
 		 567 aa  629  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.5 
 
 		 562 aa  625  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  55.05 
 
 		 553 aa  626  1e-178  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.5 
 
 		 577 aa  625  1e-178  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.5 
 
 		 562 aa  625  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.21 
 
 		 572 aa  624  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  52.7 
 
 		 569 aa  622  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.45 
 
 		 566 aa  622  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  54.29 
 
 		 567 aa  618  1e-176  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.36 
 
 		 557 aa  615  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.73 
 
 		 563 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.53 
 
 		 572 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.36 
 
 		 563 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.35 
 
 		 557 aa  611  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  56.44 
 
 		 558 aa  610  1e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52 
 
 		 557 aa  611  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52 
 
 		 557 aa  610  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52 
 
 		 557 aa  609  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  53.65 
 
 		 572 aa  606  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  51.95 
 
 		 599 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.17 
 
 		 558 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.62 
 
 		 557 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.77 
 
 		 560 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.73 
 
 		 557 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.44 
 
 		 557 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.81 
 
 		 557 aa  601  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.45 
 
 		 557 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  51.77 
 
 		 584 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  53.33 
 
 		 562 aa  598  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.45 
 
 		 557 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  51.77 
 
 		 584 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  51.77 
 
 		 584 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.45 
 
 		 557 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.09 
 
 		 557 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  50.63 
 
 		 553 aa  597  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.44 
 
 		 555 aa  598  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.32 
 
 		 560 aa  595  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  51.32 
 
 		 584 aa  595  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.49 
 
 		 560 aa  597  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  51.86 
 
 		 586 aa  597  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  51.6 
 
 		 601 aa  595  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  51.59 
 
 		 584 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.62 
 
 		 551 aa  593  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.64 
 
 		 557 aa  593  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  55.51 
 
 		 533 aa  593  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.77 
 
 		 563 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  51.41 
 
 		 584 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  51.06 
 
 		 604 aa  590  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  51.35 
 
 		 552 aa  588  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  52.08 
 
 		 550 aa  587  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1667  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.8 
 
 		 573 aa  587  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 		 573 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000307884  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  51.34 
 
 		 559 aa  584  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  53.48 
 
 		 549 aa  585  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.24 
 
 		 560 aa  584  1.0000000000000001e-165  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.41 
 
 		 569 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.4 
 
 		 569 aa  579  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.72 
 
 		 567 aa  581  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  51.53 
 
 		 566 aa  579  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.589487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>