More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1667 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.79 
 
 
562 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.51 
 
 
562 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.79 
 
 
562 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  86.55 
 
 
573 aa  1051    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000307884  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1667  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
573 aa  1191    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.5 
 
 
562 aa  635    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.79 
 
 
562 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.96 
 
 
562 aa  652    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.67 
 
 
562 aa  657    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.67 
 
 
562 aa  646    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.71 
 
 
562 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.9 
 
 
562 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.96 
 
 
558 aa  593  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.21 
 
 
562 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.21 
 
 
562 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.8 
 
 
562 aa  591  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.8 
 
 
565 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.8 
 
 
565 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.8 
 
 
565 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.5 
 
 
563 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.5 
 
 
563 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.62 
 
 
565 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.62 
 
 
565 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.83 
 
 
563 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  49.05 
 
 
565 aa  551  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 
567 aa  538  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.58356  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  48.55 
 
 
567 aa  532  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.52 
 
 
557 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.07 
 
 
557 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.51 
 
 
557 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.87 
 
 
573 aa  513  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 
557 aa  514  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.62 
 
 
557 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.62 
 
 
557 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.26 
 
 
557 aa  512  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  45.54 
 
 
561 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.54 
 
 
561 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  45.54 
 
 
561 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 
557 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.54 
 
 
561 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.54 
 
 
561 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  48.16 
 
 
533 aa  510  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  45.52 
 
 
553 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.54 
 
 
561 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 
557 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.89 
 
 
572 aa  510  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 
557 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  45.54 
 
 
583 aa  508  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.91 
 
 
563 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.54 
 
 
583 aa  508  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
561 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.62 
 
 
557 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.55 
 
 
563 aa  507  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.2 
 
 
566 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.73 
 
 
557 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
561 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.18 
 
 
561 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.07 
 
 
558 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
561 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
561 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
561 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.92 
 
 
555 aa  498  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.63 
 
 
560 aa  499  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.02 
 
 
557 aa  499  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  45.29 
 
 
560 aa  499  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  44.17 
 
 
569 aa  501  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.73 
 
 
557 aa  496  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  45.42 
 
 
569 aa  495  1e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  45.37 
 
 
550 aa  498  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  44.62 
 
 
599 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.54 
 
 
554 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  43.75 
 
 
567 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  45.07 
 
 
569 aa  494  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  46 
 
 
558 aa  493  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  44.8 
 
 
604 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2409  AMP-dependent synthetase and ligase  45.16 
 
 
554 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0704611  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  46.02 
 
 
552 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  44.89 
 
 
601 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.82 
 
 
562 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.82 
 
 
562 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  45.58 
 
 
557 aa  491  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.36 
 
 
581 aa  489  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.82 
 
 
577 aa  491  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.46 
 
 
557 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.23 
 
 
572 aa  488  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.46 
 
 
557 aa  486  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  44.13 
 
 
572 aa  487  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.29 
 
 
560 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.29 
 
 
557 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  42.93 
 
 
584 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  45.47 
 
 
559 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.93 
 
 
557 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.36 
 
 
553 aa  483  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.176827  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.35 
 
 
563 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 
584 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 
584 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  43.31 
 
 
584 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  43.84 
 
 
586 aa  484  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 
584 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.69 
 
 
560 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>