More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3752 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.96 
 
 
566 aa  670    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.81 
 
 
569 aa  719    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.05 
 
 
581 aa  658    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.42 
 
 
554 aa  666    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  68.29 
 
 
561 aa  803    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.91 
 
 
557 aa  722    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  76.66 
 
 
566 aa  902    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3572  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  68.29 
 
 
557 aa  796    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  55.22 
 
 
553 aa  650    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  73.97 
 
 
561 aa  874    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.44 
 
 
557 aa  742    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  73.25 
 
 
559 aa  868    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.98 
 
 
560 aa  751    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.38 
 
 
567 aa  689    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.44 
 
 
557 aa  738    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.44 
 
 
557 aa  742    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.26 
 
 
557 aa  740    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.44 
 
 
557 aa  742    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.44 
 
 
557 aa  738    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  74.19 
 
 
559 aa  872    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.62 
 
 
557 aa  739    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.78 
 
 
572 aa  731    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.23 
 
 
581 aa  663    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
557 aa  1140    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.39 
 
 
569 aa  728    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.62 
 
 
561 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  78.02 
 
 
562 aa  913    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.27 
 
 
557 aa  725    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.24 
 
 
561 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.44 
 
 
560 aa  722    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  75.63 
 
 
559 aa  901    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.29 
 
 
557 aa  705    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.98 
 
 
560 aa  756    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.62 
 
 
557 aa  743    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.78 
 
 
566 aa  664    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  56.42 
 
 
647 aa  643    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.39 
 
 
569 aa  728    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.44 
 
 
557 aa  736    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  55.62 
 
 
558 aa  645    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.88 
 
 
563 aa  736    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.08 
 
 
557 aa  738    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.52 
 
 
563 aa  724    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  77.88 
 
 
559 aa  914    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  75.27 
 
 
559 aa  896    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.62 
 
 
557 aa  743    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.96 
 
 
566 aa  658    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  58.38 
 
 
565 aa  692    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4225  AMP-dependent synthetase and ligase  54.48 
 
 
561 aa  631  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  54.23 
 
 
572 aa  630  1e-179  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  55.86 
 
 
561 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  55.86 
 
 
583 aa  627  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.68 
 
 
561 aa  625  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.86 
 
 
561 aa  627  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.22 
 
 
573 aa  625  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  55.86 
 
 
561 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.86 
 
 
561 aa  627  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.86 
 
 
561 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.86 
 
 
583 aa  627  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.68 
 
 
561 aa  624  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  54.51 
 
 
560 aa  618  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.77 
 
 
572 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.77 
 
 
561 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.77 
 
 
561 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.77 
 
 
561 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.77 
 
 
561 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4769  AMP-dependent synthetase and ligase  54.89 
 
 
563 aa  615  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0516  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 
561 aa  617  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0152867 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4195  AMP-dependent synthetase and ligase  53.94 
 
 
561 aa  616  1e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.77 
 
 
561 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  51.79 
 
 
561 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0532  AMP-dependent synthetase and ligase  54.38 
 
 
561 aa  614  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.07 
 
 
566 aa  609  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.96 
 
 
562 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  52.53 
 
 
553 aa  605  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.96 
 
 
562 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  52.98 
 
 
567 aa  607  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.96 
 
 
577 aa  607  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.86 
 
 
557 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  51.96 
 
 
579 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  52.16 
 
 
569 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  53.16 
 
 
540 aa  599  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.24 
 
 
557 aa  599  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  54.59 
 
 
558 aa  599  1e-170  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  51.43 
 
 
579 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.98 
 
 
563 aa  595  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1265  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 
566 aa  598  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  51.44 
 
 
569 aa  593  1e-168  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  593  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.77 
 
 
572 aa  593  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.16 
 
 
563 aa  593  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  51.08 
 
 
569 aa  590  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.32 
 
 
555 aa  591  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.16 
 
 
566 aa  589  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  51.44 
 
 
567 aa  591  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.78 
 
 
557 aa  587  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.35 
 
 
557 aa  587  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.42 
 
 
562 aa  586  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  52.79 
 
 
552 aa  585  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.43 
 
 
572 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.88 
 
 
558 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>