More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3845 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.75 
 
 
565 aa  730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  93.42 
 
 
562 aa  1096    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.57 
 
 
563 aa  728    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  78.47 
 
 
562 aa  927    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.39 
 
 
562 aa  724    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.39 
 
 
563 aa  726    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.72 
 
 
562 aa  949    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1667  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.67 
 
 
573 aa  646    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  56.21 
 
 
573 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000307884  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.75 
 
 
565 aa  730    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.92 
 
 
562 aa  980    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.07 
 
 
562 aa  958    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.68 
 
 
562 aa  719    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  92.7 
 
 
562 aa  1090    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.3 
 
 
565 aa  723    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.03 
 
 
565 aa  724    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 
565 aa  729    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.48 
 
 
563 aa  665    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.63 
 
 
567 aa  679    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.58356  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  93.24 
 
 
562 aa  1093    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.78 
 
 
558 aa  692    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.63 
 
 
562 aa  978    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.72 
 
 
562 aa  956    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.39 
 
 
562 aa  724    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
562 aa  1163    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.23 
 
 
573 aa  629  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  52.88 
 
 
569 aa  625  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  53.68 
 
 
561 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  53.68 
 
 
583 aa  621  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.76 
 
 
572 aa  624  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 
583 aa  621  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.86 
 
 
561 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 
561 aa  622  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.86 
 
 
561 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 
561 aa  622  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.86 
 
 
561 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  53.68 
 
 
561 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.86 
 
 
561 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 
561 aa  622  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.5 
 
 
561 aa  619  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.5 
 
 
561 aa  620  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  55.99 
 
 
560 aa  620  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  53.24 
 
 
553 aa  619  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 
561 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.05 
 
 
557 aa  618  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  53.76 
 
 
565 aa  616  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.88 
 
 
572 aa  617  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.06 
 
 
557 aa  616  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.6 
 
 
572 aa  617  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.42 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  52.52 
 
 
567 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.25 
 
 
557 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.25 
 
 
557 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.43 
 
 
557 aa  609  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.97 
 
 
558 aa  610  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.7 
 
 
555 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  55.68 
 
 
558 aa  605  9.999999999999999e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.43 
 
 
557 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.89 
 
 
563 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.07 
 
 
563 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.71 
 
 
557 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.43 
 
 
557 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.71 
 
 
557 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.6 
 
 
560 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.71 
 
 
557 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.53 
 
 
557 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.07 
 
 
562 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.07 
 
 
577 aa  597  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.3 
 
 
569 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.53 
 
 
566 aa  598  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.07 
 
 
562 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.17 
 
 
557 aa  597  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.48 
 
 
569 aa  594  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.3 
 
 
569 aa  589  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.53 
 
 
557 aa  588  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.52 
 
 
560 aa  585  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.7 
 
 
557 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  51.35 
 
 
567 aa  586  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.7 
 
 
557 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.52 
 
 
557 aa  588  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.34 
 
 
557 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.52 
 
 
557 aa  588  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.14 
 
 
554 aa  584  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  51.08 
 
 
572 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  52.16 
 
 
549 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.06 
 
 
557 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.34 
 
 
557 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.17 
 
 
551 aa  579  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 
553 aa  579  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  52.25 
 
 
562 aa  578  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.63 
 
 
560 aa  578  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.96 
 
 
581 aa  581  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  50.8 
 
 
586 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  51.44 
 
 
561 aa  577  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  50.81 
 
 
550 aa  576  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 
584 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  51.44 
 
 
559 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  49.91 
 
 
584 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  51.89 
 
 
566 aa  578  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  49.91 
 
 
584 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>