More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1757 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  58.3 
 
 
549 aa  637    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  63.35 
 
 
564 aa  716    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
554 aa  1136    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  55.23 
 
 
571 aa  607  9.999999999999999e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  46.15 
 
 
566 aa  483  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.61 
 
 
582 aa  481  1e-134  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.23 
 
 
563 aa  478  1e-134  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.42 
 
 
563 aa  479  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.15 
 
 
561 aa  478  1e-133  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.15 
 
 
561 aa  477  1e-133  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.42 
 
 
563 aa  478  1e-133  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.42 
 
 
563 aa  478  1e-133  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.42 
 
 
582 aa  477  1e-133  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.96 
 
 
561 aa  477  1e-133  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.23 
 
 
561 aa  478  1e-133  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.64 
 
 
569 aa  475  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  44.32 
 
 
557 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.53 
 
 
561 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  45.17 
 
 
549 aa  462  1e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  47.75 
 
 
554 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  43.19 
 
 
584 aa  450  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 
564 aa  443  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.13 
 
 
585 aa  442  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  41.91 
 
 
590 aa  432  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  41.89 
 
 
583 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 
551 aa  431  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  45.26 
 
 
539 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  42.57 
 
 
573 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  42.94 
 
 
565 aa  426  1e-118  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  40.22 
 
 
584 aa  423  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  40.77 
 
 
578 aa  422  1e-117  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  41.19 
 
 
591 aa  424  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  40.67 
 
 
559 aa  422  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  44.63 
 
 
543 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  41.44 
 
 
577 aa  418  9.999999999999999e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  39.93 
 
 
561 aa  409  1e-113  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  42.99 
 
 
553 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  38.73 
 
 
585 aa  402  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 
577 aa  383  1e-105  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2791  AMP-dependent synthetase and ligase  39.23 
 
 
575 aa  384  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.444002 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 
577 aa  380  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  40.98 
 
 
561 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  40.15 
 
 
564 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  40.33 
 
 
549 aa  380  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 
577 aa  381  1e-104  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  40.61 
 
 
552 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  39.55 
 
 
558 aa  374  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.69 
 
 
583 aa  373  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  39.59 
 
 
551 aa  369  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 
583 aa  370  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.01 
 
 
568 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 
567 aa  367  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  40.38 
 
 
550 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 
544 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 
579 aa  362  1e-98  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2221  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.86 
 
 
562 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.202713 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 
521 aa  357  1.9999999999999998e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2082  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.81 
 
 
562 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.126939  normal  0.0929922 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  39.4 
 
 
512 aa  356  5.999999999999999e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1185  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
569 aa  350  4e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.609931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 
560 aa  348  1e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.78 
 
 
572 aa  348  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 
572 aa  343  5e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.01 
 
 
566 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.95 
 
 
572 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.65 
 
 
562 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.65 
 
 
577 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.65 
 
 
562 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 
566 aa  337  3.9999999999999995e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  39.23 
 
 
584 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  39.16 
 
 
584 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  39.16 
 
 
584 aa  335  9e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 
584 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 
584 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 
572 aa  334  2e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 
561 aa  334  2e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.32 
 
 
566 aa  334  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.36 
 
 
581 aa  333  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 
569 aa  332  8e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  37.66 
 
 
561 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 
583 aa  332  9e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
583 aa  332  9e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
561 aa  332  9e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  37.66 
 
 
561 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
561 aa  332  9e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.66 
 
 
561 aa  332  9e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
561 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
561 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
561 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
561 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.32 
 
 
562 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.31 
 
 
515 aa  331  2e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
561 aa  330  3e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.29 
 
 
561 aa  330  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
586 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1052  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 
566 aa  330  5.0000000000000004e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.909575  hitchhiker  0.000208439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  35.13 
 
 
565 aa  329  7e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 
584 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.01 
 
 
573 aa  329  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.78 
 
 
566 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>