More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0110 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.89 
 
 
557 aa  717    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.07 
 
 
569 aa  699    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.71 
 
 
557 aa  721    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.7 
 
 
554 aa  782    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.25 
 
 
557 aa  716    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.43 
 
 
557 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  56.5 
 
 
559 aa  650    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.18 
 
 
569 aa  714    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.43 
 
 
563 aa  734    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  55.7 
 
 
558 aa  642    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  55.62 
 
 
561 aa  640    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  56.81 
 
 
559 aa  650    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.67 
 
 
566 aa  838    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  58.51 
 
 
553 aa  670    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.41 
 
 
560 aa  730    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.25 
 
 
567 aa  704    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.34 
 
 
557 aa  723    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.71 
 
 
557 aa  721    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
566 aa  1165    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.34 
 
 
557 aa  710    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.18 
 
 
569 aa  714    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  56.94 
 
 
559 aa  664    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  56.12 
 
 
559 aa  648    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3572  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  56.08 
 
 
557 aa  644    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.52 
 
 
557 aa  722    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.2 
 
 
566 aa  825    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.52 
 
 
572 aa  720    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.62 
 
 
557 aa  698    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  55.96 
 
 
557 aa  658    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.34 
 
 
561 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  57.64 
 
 
562 aa  672    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.98 
 
 
557 aa  719    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.02 
 
 
561 aa  720    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.19 
 
 
581 aa  776    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.25 
 
 
560 aa  704    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.96 
 
 
560 aa  717    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.89 
 
 
557 aa  717    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  57.87 
 
 
553 aa  670    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  58 
 
 
566 aa  675    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  56.44 
 
 
561 aa  650    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  62.41 
 
 
647 aa  731    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.25 
 
 
563 aa  731    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.71 
 
 
557 aa  720    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.02 
 
 
566 aa  839    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.07 
 
 
557 aa  715    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  56.94 
 
 
559 aa  662    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.73 
 
 
581 aa  783    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.89 
 
 
557 aa  717    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  57.53 
 
 
565 aa  674    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  55.33 
 
 
561 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  54.71 
 
 
583 aa  634  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.33 
 
 
561 aa  632  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.33 
 
 
561 aa  632  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.71 
 
 
583 aa  634  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.33 
 
 
561 aa  632  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  55.33 
 
 
561 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.33 
 
 
561 aa  630  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.15 
 
 
561 aa  630  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  54.97 
 
 
572 aa  630  1e-179  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.15 
 
 
561 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.12 
 
 
572 aa  620  1e-176  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.97 
 
 
561 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.97 
 
 
561 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.97 
 
 
561 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.43 
 
 
573 aa  619  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.97 
 
 
561 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.15 
 
 
562 aa  618  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.15 
 
 
577 aa  617  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.15 
 
 
562 aa  618  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  55.86 
 
 
558 aa  615  1e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  54.22 
 
 
560 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.17 
 
 
557 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.17 
 
 
557 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.61 
 
 
557 aa  608  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  53.89 
 
 
540 aa  608  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.81 
 
 
557 aa  610  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.97 
 
 
557 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.63 
 
 
557 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.17 
 
 
557 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  53.89 
 
 
567 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.63 
 
 
557 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.45 
 
 
557 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.79 
 
 
563 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.61 
 
 
566 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.97 
 
 
563 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  54.99 
 
 
567 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  53.89 
 
 
569 aa  601  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.45 
 
 
557 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.45 
 
 
557 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.07 
 
 
572 aa  598  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.72 
 
 
557 aa  595  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0532  AMP-dependent synthetase and ligase  51.71 
 
 
561 aa  595  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1867  long-chain fatty acid CoA ligase (AMP-binding)  53.06 
 
 
575 aa  597  1e-169  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.805578 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2156  AMP-dependent synthetase and ligase  53.24 
 
 
575 aa  597  1e-169  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1265  AMP-dependent synthetase and ligase  51.34 
 
 
566 aa  595  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4195  AMP-dependent synthetase and ligase  52.24 
 
 
561 aa  595  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0516  AMP-dependent synthetase and ligase  51.89 
 
 
561 aa  597  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0152867 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.81 
 
 
557 aa  593  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4225  AMP-dependent synthetase and ligase  52.25 
 
 
561 aa  594  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.9 
 
 
555 aa  594  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>