More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4237 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  87.86 
 
 
561 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  79.27 
 
 
564 aa  905    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  82.97 
 
 
550 aa  930    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  100 
 
 
552 aa  1126    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  75.46 
 
 
553 aa  847    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  57.64 
 
 
567 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  48.45 
 
 
574 aa  479  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.643049  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 
549 aa  402  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  41.04 
 
 
564 aa  399  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 
554 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  41.15 
 
 
571 aa  386  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  40.72 
 
 
559 aa  386  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  40.71 
 
 
566 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  39.46 
 
 
557 aa  379  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  40.14 
 
 
561 aa  374  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.85 
 
 
561 aa  374  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 
539 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.64 
 
 
561 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.55 
 
 
563 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.55 
 
 
563 aa  370  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.55 
 
 
563 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.64 
 
 
561 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.55 
 
 
563 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.55 
 
 
582 aa  372  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 
569 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.55 
 
 
582 aa  369  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.68 
 
 
561 aa  366  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.96 
 
 
561 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  42 
 
 
554 aa  362  7.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 
551 aa  362  1e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  39.86 
 
 
549 aa  358  9.999999999999999e-98  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  39.07 
 
 
564 aa  355  1e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  37.72 
 
 
565 aa  342  1e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  38.03 
 
 
584 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 
583 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 
577 aa  336  5e-91  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.99 
 
 
585 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 
573 aa  334  2e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
585 aa  334  3e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 
510 aa  334  3e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 
510 aa  333  4e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.74 
 
 
514 aa  333  5e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.76 
 
 
510 aa  332  1e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  37.41 
 
 
577 aa  332  1e-89  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.82 
 
 
510 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 
510 aa  330  3e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.82 
 
 
510 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 
510 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  38.96 
 
 
543 aa  330  6e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.63 
 
 
510 aa  329  7e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.63 
 
 
510 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 
584 aa  329  1.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.44 
 
 
510 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 
549 aa  325  1e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 
591 aa  324  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.96 
 
 
512 aa  325  2e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
579 aa  324  3e-87  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 
577 aa  324  3e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 
561 aa  323  3e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
577 aa  323  4e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 
578 aa  323  6e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 
558 aa  323  7e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 
552 aa  320  3e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.65 
 
 
554 aa  321  3e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 
540 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 
590 aa  320  3.9999999999999996e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.19 
 
 
557 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.35 
 
 
581 aa  318  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 
583 aa  316  9e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 
544 aa  316  9e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.29 
 
 
561 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 
555 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 
560 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.05 
 
 
563 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 
567 aa  313  4.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 
559 aa  312  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.33 
 
 
557 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.86 
 
 
557 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.92 
 
 
563 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  37.34 
 
 
560 aa  310  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
557 aa  310  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 
559 aa  310  5.9999999999999995e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 
559 aa  310  5.9999999999999995e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 
566 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.14 
 
 
560 aa  309  6.999999999999999e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 
557 aa  309  8e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 
559 aa  309  8e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.23 
 
 
510 aa  309  8e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 
662 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 
557 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.61 
 
 
569 aa  307  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.53 
 
 
566 aa  307  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 
561 aa  307  4.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.61 
 
 
557 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.93 
 
 
572 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.85 
 
 
557 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.85 
 
 
557 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.85 
 
 
557 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 
490 aa  306  6e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 
572 aa  306  6e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>