More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3792 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
571 aa  1161    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  57.45 
 
 
549 aa  625  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  55.23 
 
 
554 aa  607  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  53.22 
 
 
564 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  44.55 
 
 
566 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  43.19 
 
 
557 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  42.12 
 
 
569 aa  425  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  42.02 
 
 
559 aa  417  9.999999999999999e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  46.44 
 
 
554 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  42.18 
 
 
549 aa  409  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  42.59 
 
 
539 aa  412  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 
551 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  42.1 
 
 
565 aa  404  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
563 aa  396  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 
582 aa  397  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
563 aa  396  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.38 
 
 
561 aa  397  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.56 
 
 
561 aa  397  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.29 
 
 
561 aa  393  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.68 
 
 
563 aa  394  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
563 aa  394  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.73 
 
 
561 aa  395  1e-108  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.68 
 
 
561 aa  392  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 
582 aa  395  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  38.56 
 
 
561 aa  390  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  38.58 
 
 
591 aa  391  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  38.58 
 
 
590 aa  387  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  40.78 
 
 
564 aa  389  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  39.48 
 
 
584 aa  387  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  40.44 
 
 
543 aa  382  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  41.4 
 
 
561 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  41.51 
 
 
564 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.48 
 
 
573 aa  383  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  40.83 
 
 
578 aa  379  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.61 
 
 
585 aa  376  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 
577 aa  377  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 
567 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 
583 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  40.48 
 
 
553 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  41.46 
 
 
552 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  37 
 
 
577 aa  369  1e-100  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
577 aa  363  6e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  40.88 
 
 
550 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  39.04 
 
 
558 aa  361  2e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 
583 aa  360  4e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 
583 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 
577 aa  354  2e-96  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
584 aa  350  3e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 
585 aa  349  1e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.16 
 
 
568 aa  346  5e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 
579 aa  343  5e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  38.73 
 
 
560 aa  343  5e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 
553 aa  340  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  36.18 
 
 
533 aa  339  8e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2791  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 
575 aa  338  9.999999999999999e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.444002 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.99 
 
 
557 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
549 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.81 
 
 
557 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.58 
 
 
566 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.75 
 
 
558 aa  337  3.9999999999999995e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.64 
 
 
557 aa  337  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 
565 aa  336  7e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 
561 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.82 
 
 
569 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.82 
 
 
569 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.21 
 
 
561 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.7 
 
 
557 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  37.32 
 
 
574 aa  331  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.643049  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  37.27 
 
 
551 aa  331  2e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1185  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 
569 aa  330  3e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.609931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
544 aa  330  3e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.07 
 
 
554 aa  330  4e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.28 
 
 
557 aa  330  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.7 
 
 
557 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.75 
 
 
560 aa  330  5.0000000000000004e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  37.28 
 
 
565 aa  330  6e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.51 
 
 
569 aa  329  7e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.22 
 
 
562 aa  329  8e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.22 
 
 
562 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0535  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.97 
 
 
566 aa  328  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.25 
 
 
557 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.85 
 
 
572 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.7 
 
 
581 aa  328  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.29 
 
 
512 aa  327  4.0000000000000003e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 
521 aa  326  6e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.57 
 
 
557 aa  326  7e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 
564 aa  326  8.000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.59 
 
 
563 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.93 
 
 
557 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.85 
 
 
563 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.93 
 
 
557 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.93 
 
 
557 aa  325  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
560 aa  324  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.08 
 
 
567 aa  324  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.79 
 
 
566 aa  323  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2221  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.09 
 
 
562 aa  323  6e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.202713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.46 
 
 
562 aa  323  7e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.79 
 
 
562 aa  323  8e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.19 
 
 
557 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.19 
 
 
557 aa  321  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>