More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2918 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  100 
 
 
174 aa  345  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  54.02 
 
 
174 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  53.89 
 
 
246 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.63 
 
 
174 aa  145  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  47.2 
 
 
194 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  46.36 
 
 
169 aa  126  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.23 
 
 
171 aa  117  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.41 
 
 
182 aa  107  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.31 
 
 
173 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  37.65 
 
 
166 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
160 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  40.27 
 
 
159 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  41.51 
 
 
173 aa  90.9  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.56 
 
 
175 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  36.88 
 
 
158 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  37.75 
 
 
175 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  32.91 
 
 
169 aa  88.2  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.67 
 
 
161 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
165 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  37.5 
 
 
165 aa  87  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  38.51 
 
 
180 aa  87  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.59 
 
 
234 aa  85.9  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.18 
 
 
180 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.18 
 
 
180 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  37.11 
 
 
158 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.81 
 
 
158 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  34.34 
 
 
188 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.85 
 
 
166 aa  84.7  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
158 aa  84  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  36.3 
 
 
194 aa  84  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.73 
 
 
195 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.74 
 
 
188 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
185 aa  80.9  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.28 
 
 
162 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  39.74 
 
 
159 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
165 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.53 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.83 
 
 
168 aa  78.2  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  36.25 
 
 
183 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.53 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
194 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.46 
 
 
191 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
203 aa  77  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  30.46 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  31.95 
 
 
180 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  34.91 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.99 
 
 
181 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.45 
 
 
178 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.45 
 
 
178 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  32.89 
 
 
196 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  35.62 
 
 
236 aa  71.6  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.68 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.95 
 
 
161 aa  71.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  33.97 
 
 
186 aa  71.2  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.53 
 
 
171 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
194 aa  70.9  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  32.47 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.25 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.71 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  32.73 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.53 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  29.08 
 
 
185 aa  67.8  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
188 aa  67.8  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.93 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.52 
 
 
187 aa  67.8  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.71 
 
 
176 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  33.09 
 
 
193 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  28.66 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  29.75 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.1 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  27.7 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.56 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.49 
 
 
189 aa  65.1  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.57 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
193 aa  65.5  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
260 aa  65.1  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  31.79 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  32.32 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.1 
 
 
374 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.1 
 
 
374 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
162 aa  64.7  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  32.31 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.82 
 
 
184 aa  64.3  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30 
 
 
214 aa  64.3  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.1 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  28.98 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.77 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  29.71 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.88 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.07 
 
 
170 aa  63.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.77 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.67 
 
 
168 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>