More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0738 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
171 aa  340  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  96.49 
 
 
171 aa  329  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  93.57 
 
 
171 aa  320  5e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  88.82 
 
 
171 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  56.77 
 
 
169 aa  174  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.31 
 
 
167 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.84 
 
 
171 aa  169  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  53.55 
 
 
168 aa  167  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  54.72 
 
 
168 aa  165  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  53.12 
 
 
166 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  52.67 
 
 
169 aa  164  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.31 
 
 
171 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  49.67 
 
 
179 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  51.97 
 
 
157 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.33 
 
 
168 aa  161  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  50.97 
 
 
164 aa  160  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  50.67 
 
 
169 aa  160  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  50.67 
 
 
164 aa  160  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  52 
 
 
168 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.73 
 
 
169 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  54.09 
 
 
182 aa  155  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.7 
 
 
171 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  50.32 
 
 
168 aa  154  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  51.33 
 
 
167 aa  154  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  49.03 
 
 
170 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  50.32 
 
 
166 aa  152  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.51 
 
 
168 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.32 
 
 
168 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  48.7 
 
 
196 aa  148  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  54.49 
 
 
172 aa  148  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.230791  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  147  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  45.88 
 
 
172 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  45.22 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.22 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  45.22 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  45.22 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  45.22 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  48.43 
 
 
172 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  50 
 
 
170 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.7 
 
 
169 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.7 
 
 
169 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  45.91 
 
 
172 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  47.8 
 
 
172 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
164 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  47.8 
 
 
169 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  144  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  144  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.74 
 
 
187 aa  144  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.05 
 
 
169 aa  144  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
169 aa  144  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  52.94 
 
 
173 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2770  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  53.85 
 
 
172 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.5 
 
 
168 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  50.33 
 
 
174 aa  143  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.1 
 
 
168 aa  143  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.31 
 
 
169 aa  143  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  50 
 
 
175 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.3 
 
 
182 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.98 
 
 
168 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.91 
 
 
170 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.35 
 
 
173 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.252415 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.98 
 
 
168 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  47.4 
 
 
169 aa  142  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.33 
 
 
167 aa  141  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.75 
 
 
174 aa  140  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.68 
 
 
170 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  44.65 
 
 
172 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.68 
 
 
170 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 
172 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0180  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.09 
 
 
167 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553473  normal  0.734896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  44.65 
 
 
172 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.1 
 
 
169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.1 
 
 
166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.79 
 
 
170 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  44.59 
 
 
172 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.51 
 
 
176 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  45.4 
 
 
180 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  44.65 
 
 
172 aa  135  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.57 
 
 
166 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.98 
 
 
166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  44.23 
 
 
172 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.22 
 
 
172 aa  134  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.88 
 
 
172 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  42.21 
 
 
169 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.14 
 
 
168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  41.94 
 
 
168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  44 
 
 
174 aa  128  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.15 
 
 
175 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  41.46 
 
 
176 aa  124  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.64 
 
 
172 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  50.67 
 
 
160 aa  124  8.000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.76 
 
 
159 aa  123  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.28 
 
 
174 aa  122  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  42.77 
 
 
167 aa  122  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37430  RNA polymerase sigma factor  38.18 
 
 
169 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.031593  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
178 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>