More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1120 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  100 
 
 
166 aa  342  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.87 
 
 
165 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.55 
 
 
162 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.21 
 
 
165 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.21 
 
 
161 aa  187  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  54.61 
 
 
166 aa  184  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.04 
 
 
171 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
158 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  43.24 
 
 
234 aa  105  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
158 aa  103  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  43.04 
 
 
160 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
158 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  39.61 
 
 
158 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
159 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  40.27 
 
 
159 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  37.75 
 
 
168 aa  93.2  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  33.75 
 
 
168 aa  91.3  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.22 
 
 
173 aa  87  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  38.51 
 
 
178 aa  86.3  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.5 
 
 
185 aa  85.1  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.55 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  35.62 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  30.2 
 
 
185 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.2 
 
 
168 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.25 
 
 
180 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35.71 
 
 
374 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.19 
 
 
175 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
374 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  38.69 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.01 
 
 
180 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  35.06 
 
 
165 aa  80.1  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2067  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.2 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
168 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.01 
 
 
180 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.25 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  36.36 
 
 
374 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.78 
 
 
167 aa  78.2  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.81 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  32.21 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35 
 
 
171 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.19 
 
 
175 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  37.75 
 
 
175 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.54 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  35.67 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.24 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  32.64 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  34.67 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.48 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.38 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.97 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  34.23 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  34.67 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  34 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
172 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  35.14 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.42 
 
 
223 aa  74.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  34.48 
 
 
170 aa  73.9  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.99 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  36.6 
 
 
440 aa  73.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
170 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
167 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.69 
 
 
157 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.64 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.21 
 
 
166 aa  73.6  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 
165 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
175 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.22 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.97 
 
 
170 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.97 
 
 
170 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.97 
 
 
170 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  36.31 
 
 
170 aa  71.6  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.75 
 
 
165 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.54 
 
 
161 aa  72  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
162 aa  71.2  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  31.13 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
168 aa  71.2  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  30.92 
 
 
183 aa  70.5  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
170 aa  70.5  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  31.37 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  31.37 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.97 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.9 
 
 
191 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  31.37 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.3 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>