200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3128 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
169 aa  328  3e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  46.75 
 
 
182 aa  143  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  44.72 
 
 
183 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  46.47 
 
 
181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  42.26 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  47.67 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  42.24 
 
 
183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  37.87 
 
 
180 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.72 
 
 
178 aa  115  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  41.42 
 
 
183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  42.33 
 
 
181 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  43.31 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  37.5 
 
 
182 aa  92.8  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  32.48 
 
 
174 aa  86.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.88 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.63 
 
 
171 aa  85.1  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
173 aa  84.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.71 
 
 
173 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
158 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  35.14 
 
 
214 aa  79  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
158 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.03 
 
 
234 aa  77.4  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.14 
 
 
174 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  35.71 
 
 
172 aa  77.4  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
158 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
165 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.94 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  34.57 
 
 
180 aa  72.4  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.37 
 
 
188 aa  72  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  32 
 
 
158 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.53 
 
 
181 aa  70.9  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
374 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  31.36 
 
 
374 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.48 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  29.49 
 
 
160 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  27.97 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.36 
 
 
374 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  30.72 
 
 
159 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.48 
 
 
175 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 
440 aa  61.6  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.53 
 
 
166 aa  60.8  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  31.48 
 
 
186 aa  60.8  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  29.17 
 
 
165 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.01 
 
 
172 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  32.7 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
173 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 
191 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
182 aa  58.9  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  32.7 
 
 
172 aa  58.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  28.97 
 
 
179 aa  58.5  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.15 
 
 
163 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
201 aa  58.2  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
178 aa  57.8  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  31.51 
 
 
176 aa  57.4  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.57 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  28.38 
 
 
187 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  32.1 
 
 
178 aa  57  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
159 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
191 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.49 
 
 
180 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.37 
 
 
170 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
194 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.54 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.85 
 
 
166 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.24 
 
 
169 aa  55.5  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.57 
 
 
169 aa  55.1  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  34.29 
 
 
172 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
172 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  29.86 
 
 
151 aa  54.7  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.9 
 
 
171 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.1 
 
 
170 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
170 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.68 
 
 
180 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.88 
 
 
216 aa  54.7  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.1 
 
 
170 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.68 
 
 
180 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
183 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.52 
 
 
190 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  34.36 
 
 
444 aa  53.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.23 
 
 
171 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
183 aa  53.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
174 aa  53.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  32.48 
 
 
166 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.26 
 
 
194 aa  53.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
171 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
171 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  28.3 
 
 
194 aa  52  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30.2 
 
 
188 aa  52  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
171 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1621  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.56 
 
 
165 aa  50.8  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.867199 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.2 
 
 
170 aa  50.8  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.37 
 
 
172 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  28.87 
 
 
170 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  22.36 
 
 
168 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  25 
 
 
185 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
162 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.86 
 
 
167 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5082  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.39 
 
 
302 aa  50.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.806139  normal  0.638796 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>