218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2102 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
178 aa  352  1e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  43.89 
 
 
202 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  44.58 
 
 
183 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  43.83 
 
 
183 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  42.78 
 
 
182 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  42.86 
 
 
180 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  40.46 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.89 
 
 
181 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.45 
 
 
181 aa  117  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  41.72 
 
 
169 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  37.14 
 
 
183 aa  101  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  39.29 
 
 
181 aa  97.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  41.03 
 
 
193 aa  95.5  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.78 
 
 
181 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.31 
 
 
176 aa  87.8  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.57 
 
 
165 aa  73.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.76 
 
 
173 aa  71.6  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.56 
 
 
165 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.29 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
171 aa  68.9  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.24 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.79 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.85 
 
 
174 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
158 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  35.04 
 
 
182 aa  62.8  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  34.81 
 
 
440 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  29.93 
 
 
214 aa  62.4  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.25 
 
 
171 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.25 
 
 
171 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.57 
 
 
246 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  29.03 
 
 
158 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
166 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  30 
 
 
174 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
161 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  31.06 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
148 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  27.33 
 
 
160 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  27.95 
 
 
159 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 
173 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  30.15 
 
 
151 aa  58.2  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.49 
 
 
234 aa  57.8  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.3 
 
 
178 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  27.27 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.87 
 
 
170 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.35 
 
 
178 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  29.66 
 
 
166 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.87 
 
 
170 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.87 
 
 
170 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 
180 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.37 
 
 
169 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  28 
 
 
166 aa  55.1  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.04 
 
 
190 aa  55.1  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.2 
 
 
170 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  26.4 
 
 
194 aa  53.9  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  29.25 
 
 
187 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  30 
 
 
172 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.22 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.83 
 
 
187 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.83 
 
 
187 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.39 
 
 
191 aa  53.9  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  29.3 
 
 
158 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
158 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.67 
 
 
184 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  30.07 
 
 
176 aa  52.4  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
169 aa  52.4  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.05 
 
 
159 aa  52.8  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.37 
 
 
176 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 
196 aa  52  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.79 
 
 
180 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.61 
 
 
163 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3968  RNA polymerase sigma-70 factor  26.88 
 
 
196 aa  51.2  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  29.6 
 
 
186 aa  51.2  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
189 aa  50.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.95 
 
 
176 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1586  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.11 
 
 
192 aa  50.4  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0659987 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.22 
 
 
197 aa  50.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.01 
 
 
166 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.42 
 
 
176 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  27.63 
 
 
196 aa  49.7  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
183 aa  49.7  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.15 
 
 
175 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.16 
 
 
205 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 
185 aa  49.7  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 
169 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 
159 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 
171 aa  49.3  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.965307  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.42 
 
 
176 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  26.04 
 
 
374 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.52 
 
 
196 aa  48.9  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.95 
 
 
166 aa  48.5  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  32.08 
 
 
444 aa  48.9  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  36.89 
 
 
250 aa  48.9  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  29.29 
 
 
225 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  28.06 
 
 
193 aa  48.5  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  35.64 
 
 
264 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0971  sigma-70 region 2  32.79 
 
 
192 aa  48.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.259362  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  35.64 
 
 
264 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3189  sigma-24 (FecI-like)  31.5 
 
 
196 aa  48.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>