271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2232 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
181 aa  360  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  53.53 
 
 
181 aa  179  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  52.35 
 
 
181 aa  174  7e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  51.76 
 
 
183 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  44.2 
 
 
182 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  44.12 
 
 
183 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  42.51 
 
 
183 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  43.21 
 
 
202 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  41.67 
 
 
182 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  42.33 
 
 
169 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  36.72 
 
 
180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.29 
 
 
178 aa  106  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.45 
 
 
176 aa  98.2  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.65 
 
 
234 aa  95.1  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  39.16 
 
 
193 aa  94.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
181 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.53 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.34 
 
 
180 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.34 
 
 
180 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.29 
 
 
166 aa  81.3  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  35.03 
 
 
174 aa  80.9  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.84 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.29 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.63 
 
 
160 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.13 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  32.9 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.13 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.36 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.95 
 
 
246 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  36.24 
 
 
176 aa  70.9  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.21 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
190 aa  69.3  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.97 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.17 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.91 
 
 
158 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  30.82 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  34.97 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  34.72 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.12 
 
 
169 aa  64.3  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.79 
 
 
166 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  32.86 
 
 
166 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
158 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.93 
 
 
174 aa  63.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
165 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30.36 
 
 
214 aa  63.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
178 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
168 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.61 
 
 
189 aa  62.8  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
163 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 
169 aa  61.2  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.82 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.63 
 
 
161 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.01 
 
 
169 aa  60.8  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  26.28 
 
 
168 aa  60.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  27.27 
 
 
194 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.41 
 
 
178 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  30.41 
 
 
187 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30.87 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
183 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
178 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  28.85 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  24.63 
 
 
185 aa  58.9  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.5 
 
 
166 aa  59.3  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 
184 aa  59.3  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30 
 
 
223 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  29.93 
 
 
151 aa  58.5  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
187 aa  58.5  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
191 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 
194 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  30.57 
 
 
159 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  31.48 
 
 
180 aa  58.2  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.29 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.72 
 
 
195 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
210 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  25.48 
 
 
185 aa  57.8  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.12 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.78 
 
 
180 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.08 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
176 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
183 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.2 
 
 
148 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.3 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.82 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  30.77 
 
 
165 aa  55.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.66 
 
 
168 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
199 aa  55.8  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
175 aa  55.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  29.94 
 
 
186 aa  55.5  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  28.39 
 
 
179 aa  55.5  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.13 
 
 
169 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.65 
 
 
187 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.65 
 
 
187 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  32.17 
 
 
168 aa  55.1  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
165 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.38 
 
 
170 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.21 
 
 
194 aa  54.7  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  29.37 
 
 
172 aa  54.7  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.94 
 
 
184 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.38 
 
 
170 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>