More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2051 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  100 
 
 
176 aa  353  5.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  45.57 
 
 
374 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.94 
 
 
374 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  42.94 
 
 
374 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.41 
 
 
171 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  40.4 
 
 
183 aa  95.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  36.94 
 
 
173 aa  92  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  36.53 
 
 
171 aa  91.3  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  35.12 
 
 
179 aa  90.1  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  39.86 
 
 
182 aa  87.8  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.5 
 
 
171 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.88 
 
 
171 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  39.1 
 
 
172 aa  84.7  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.95 
 
 
188 aa  85.1  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  37.25 
 
 
159 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.51 
 
 
173 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  35 
 
 
214 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  37.34 
 
 
236 aa  81.3  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.85 
 
 
166 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.58 
 
 
169 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.1 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  36.62 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.1 
 
 
180 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  37.14 
 
 
151 aa  78.6  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.31 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  36.25 
 
 
178 aa  78.2  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.48 
 
 
176 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  40 
 
 
172 aa  77.4  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.89 
 
 
170 aa  77.4  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  36.6 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  37.25 
 
 
159 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  34.38 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  36.88 
 
 
202 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
234 aa  75.1  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  35.5 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  36 
 
 
172 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.85 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  33.93 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  33.93 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.93 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
167 aa  73.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  33.73 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
160 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  33.93 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  30.06 
 
 
168 aa  73.6  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  33.93 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  33.93 
 
 
173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
186 aa  73.2  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  34.46 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  37.5 
 
 
181 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  33.53 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.26 
 
 
181 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.48 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
168 aa  72.4  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.48 
 
 
176 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.62 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.56 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  32.7 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.69 
 
 
168 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.54 
 
 
174 aa  70.9  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  33.55 
 
 
180 aa  70.9  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  32.74 
 
 
168 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.38 
 
 
184 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.88 
 
 
176 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.16 
 
 
159 aa  70.1  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6662  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.82 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2067  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  33.96 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  30.77 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3174  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.8 
 
 
191 aa  68.6  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.192899  normal  0.919129 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  33.96 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.2 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  31.79 
 
 
180 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  30.49 
 
 
165 aa  67.8  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.45 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.24 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.74 
 
 
187 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.68 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.57 
 
 
155 aa  67  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.54 
 
 
167 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.27 
 
 
187 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  27.27 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.29 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.07 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.22 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.67 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.92 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>