More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3780 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
158 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  88.61 
 
 
158 aa  289  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  85.44 
 
 
158 aa  272  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  82.91 
 
 
158 aa  266  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  67.72 
 
 
160 aa  224  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  70.89 
 
 
159 aa  215  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  72.15 
 
 
159 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  50.32 
 
 
234 aa  164  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  43.23 
 
 
166 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.87 
 
 
171 aa  110  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.28 
 
 
162 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.28 
 
 
165 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.94 
 
 
161 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
165 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  42.28 
 
 
166 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  41.29 
 
 
173 aa  95.5  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  40.14 
 
 
168 aa  95.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  37.01 
 
 
175 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  39.07 
 
 
172 aa  91.3  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.77 
 
 
175 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.26 
 
 
169 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  37.93 
 
 
180 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.93 
 
 
166 aa  88.6  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  34.23 
 
 
171 aa  89  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
169 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  38.89 
 
 
188 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
166 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.11 
 
 
187 aa  85.9  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  38.03 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  36.6 
 
 
174 aa  84.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  36.62 
 
 
169 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.22 
 
 
173 aa  84.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.14 
 
 
167 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  35.42 
 
 
173 aa  84  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 
173 aa  84  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  35.42 
 
 
173 aa  84  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  35.42 
 
 
173 aa  84  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  35.42 
 
 
173 aa  84  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
180 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.16 
 
 
180 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35 
 
 
374 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.89 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.49 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.78 
 
 
189 aa  82  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
169 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.69 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  35.94 
 
 
185 aa  82  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  30.32 
 
 
168 aa  81.6  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.44 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  35.29 
 
 
440 aa  81.3  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.51 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
182 aa  80.9  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
169 aa  80.5  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  34.48 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  33.56 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  32.88 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  36.13 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.84 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.1 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  33.8 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  37.32 
 
 
182 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  34.51 
 
 
174 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
188 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
172 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.84 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  33.77 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.72 
 
 
174 aa  79  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  33.1 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.81 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  34.51 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.51 
 
 
155 aa  78.2  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  33.1 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  34.51 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.92 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
171 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.19 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  36.03 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  34.51 
 
 
172 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 
171 aa  77.4  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
169 aa  77.4  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  36.69 
 
 
151 aa  77.4  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
168 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
168 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.55 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>