More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1442 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
168 aa  343  8.999999999999999e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  33.75 
 
 
166 aa  91.3  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
180 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.95 
 
 
180 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  35.25 
 
 
185 aa  84.7  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.52 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.82 
 
 
166 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.08 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34.88 
 
 
159 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.19 
 
 
161 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
165 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.87 
 
 
188 aa  80.5  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.38 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
158 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  28.93 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.65 
 
 
165 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
162 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.45 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.34 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
189 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
169 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.37 
 
 
169 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
158 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.32 
 
 
194 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  30 
 
 
174 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.2 
 
 
194 aa  77  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  30.43 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.92 
 
 
160 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.81 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.06 
 
 
171 aa  77  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.06 
 
 
185 aa  75.9  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.37 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.59 
 
 
189 aa  75.1  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.03 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  29.66 
 
 
196 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30.82 
 
 
214 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.95 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.25 
 
 
216 aa  74.7  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
202 aa  74.7  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0104  transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 
207 aa  74.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3991  RNA polymerase sigma-70 factor  31.85 
 
 
176 aa  73.9  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  28.29 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.29 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.61 
 
 
190 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  28.29 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  25.45 
 
 
188 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  27.45 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  28.38 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5484  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.37 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.233066  normal  0.0394769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  26 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  28.29 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.47 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  28.29 
 
 
173 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  24.67 
 
 
181 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.58 
 
 
167 aa  72  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.68 
 
 
173 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
167 aa  71.6  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  27.45 
 
 
164 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.78 
 
 
196 aa  71.2  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  28.08 
 
 
169 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  30.37 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  27.16 
 
 
178 aa  70.9  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 
168 aa  70.5  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.11 
 
 
148 aa  70.5  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.8 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.5 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.23 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  27.01 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  26.62 
 
 
195 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  32.54 
 
 
159 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.62 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.8 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.14 
 
 
171 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  27.95 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1218  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.97 
 
 
227 aa  69.3  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.1 
 
 
213 aa  68.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.852027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  28.67 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2829  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.72 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.08 
 
 
166 aa  68.2  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.17 
 
 
187 aa  68.2  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  28.29 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
159 aa  68.2  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4715  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 
221 aa  68.2  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.722326  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 
194 aa  68.2  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.78 
 
 
175 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 
172 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.32 
 
 
176 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  25.95 
 
 
170 aa  67.4  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  28.57 
 
 
187 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  27.52 
 
 
151 aa  67  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 
188 aa  67  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>