More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1816 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  93.32 
 
 		 374 aa  676    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  93.58 
 
 		 374 aa  677    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 374 aa  753    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  40.09 
 
 		 329 aa  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  37.56 
 
 		 335 aa  124  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  36.87 
 
 		 309 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  37.04 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.33 
 
 		 171 aa  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  37.44 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  34.31 
 
 		 311 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  36.84 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  38.05 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  44.51 
 
 		 176 aa  113  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  39.02 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  35.71 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  37.99 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  39.02 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  38.91 
 
 		 328 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  37.69 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  32.33 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  34.47 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  39.74 
 
 		 159 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  35.14 
 
 		 377 aa  106  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.61 
 
 		 264 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  33.98 
 
 		 318 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  33.5 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  35.55 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  34.51 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  38.73 
 
 		 173 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  33.19 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  32.86 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  35.58 
 
 		 316 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  34.23 
 
 		 319 aa  104  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  32 
 
 		 318 aa  104  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  35.78 
 
 		 315 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  33.98 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  37.34 
 
 		 166 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  34.4 
 
 		 329 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  32.34 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  35 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  34.26 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  35.35 
 
 		 274 aa  103  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  35.92 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  32.31 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  35.32 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  35.78 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  36.7 
 
 		 320 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  36.09 
 
 		 324 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  42.94 
 
 		 214 aa  99.8  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.4 
 
 		 301 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  36.15 
 
 		 329 aa  99.8  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  37.56 
 
 		 318 aa  99.4  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  36 
 
 		 268 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  33.51 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  32.92 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  36.04 
 
 		 326 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  33.79 
 
 		 326 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  34.72 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  29.2 
 
 		 336 aa  97.8  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  36 
 
 		 280 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  33.33 
 
 		 313 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.21 
 
 		 234 aa  97.8  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  33.51 
 
 		 320 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  41.56 
 
 		 171 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  33.78 
 
 		 320 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  30.52 
 
 		 440 aa  97.1  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  36.41 
 
 		 318 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  37.74 
 
 		 178 aa  96.7  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  31.22 
 
 		 327 aa  96.3  7e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  26.39 
 
 		 444 aa  95.9  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  27.57 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  35.53 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  28.52 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 		 158 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  30.9 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  34.67 
 
 		 327 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  33.63 
 
 		 324 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.94 
 
 		 327 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.34 
 
 		 165 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  34.42 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  33.63 
 
 		 324 aa  94.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  32.71 
 
 		 327 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  37.59 
 
 		 172 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17700  anti-sigma factor, FecR family  33.33 
 
 		 323 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  32.26 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  36.36 
 
 		 166 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  34.78 
 
 		 328 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  31.3 
 
 		 325 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  34.69 
 
 		 329 aa  94  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  34.95 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  33.8 
 
 		 314 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 		 160 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  32.63 
 
 		 342 aa  93.2  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  33.18 
 
 		 337 aa  93.2  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  34.76 
 
 		 316 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  34.18 
 
 		 333 aa  92.8  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.19 
 
 		 161 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  33.2 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  32.04 
 
 		 322 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  33.2 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>