More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3759 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
180 aa  356  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  99.44 
 
 
180 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  93.37 
 
 
166 aa  283  9e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.93 
 
 
169 aa  193  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.58 
 
 
171 aa  127  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  42.68 
 
 
175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  41.46 
 
 
175 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  41.45 
 
 
159 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.5 
 
 
189 aa  97.1  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  39.44 
 
 
188 aa  96.3  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
159 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.45 
 
 
165 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
169 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  40.54 
 
 
158 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  36.88 
 
 
165 aa  90.5  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  39.13 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  34.88 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.88 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  34.88 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  37.75 
 
 
151 aa  89.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.26 
 
 
183 aa  89.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  34.88 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  34.88 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
160 aa  89  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  37.27 
 
 
168 aa  89  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.66 
 
 
167 aa  88.6  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  40.38 
 
 
173 aa  88.6  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.35 
 
 
234 aa  89  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
173 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  37.18 
 
 
170 aa  86.7  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  35.46 
 
 
168 aa  85.1  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  39.85 
 
 
174 aa  84.7  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.94 
 
 
168 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
158 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
169 aa  84.3  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.92 
 
 
169 aa  84.3  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.27 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  38.69 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
158 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  34.94 
 
 
167 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.05 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.1 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.38 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  35.58 
 
 
164 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.38 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.29 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 
161 aa  80.9  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  37.93 
 
 
182 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.53 
 
 
182 aa  80.9  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
163 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
168 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  39.01 
 
 
166 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  36.54 
 
 
169 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
170 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  34.81 
 
 
170 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  32.08 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.35 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
170 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.93 
 
 
216 aa  79.7  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.37 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.86 
 
 
199 aa  79  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  38.35 
 
 
181 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
169 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.48 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.59 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.22 
 
 
202 aa  77.8  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.16 
 
 
374 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  37.84 
 
 
374 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  31.93 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  37.16 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
171 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 
162 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  31.85 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  36.67 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  38.1 
 
 
183 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.37 
 
 
185 aa  75.9  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.65 
 
 
180 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  35.71 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  33.75 
 
 
196 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.39 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  32.89 
 
 
196 aa  75.5  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  35.51 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
169 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
187 aa  74.7  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.43 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.72 
 
 
161 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
165 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.88 
 
 
181 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  32.48 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
191 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>