More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_33800 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
159 aa  320  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  82.28 
 
 
159 aa  264  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  66.46 
 
 
160 aa  223  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  72.15 
 
 
158 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  70.25 
 
 
158 aa  221  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  68.35 
 
 
158 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  68.99 
 
 
158 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  52.23 
 
 
234 aa  171  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.03 
 
 
171 aa  131  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.22 
 
 
165 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
162 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  40.67 
 
 
166 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.19 
 
 
161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
165 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  42.28 
 
 
166 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  43.14 
 
 
175 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.11 
 
 
180 aa  103  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  38.93 
 
 
180 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
180 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  42.68 
 
 
173 aa  101  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.79 
 
 
175 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  35.4 
 
 
374 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.4 
 
 
374 aa  97.4  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.07 
 
 
166 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  40.14 
 
 
168 aa  95.9  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  35.4 
 
 
374 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.67 
 
 
173 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  39.74 
 
 
174 aa  94  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.71 
 
 
172 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  36.84 
 
 
165 aa  92  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
161 aa  92  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.69 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.13 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.05 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.05 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.05 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.69 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.05 
 
 
164 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.69 
 
 
169 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
168 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.26 
 
 
167 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  37.59 
 
 
151 aa  88.2  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.67 
 
 
185 aa  87.4  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.19 
 
 
171 aa  87  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.1 
 
 
169 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.49 
 
 
169 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.44 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.44 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
188 aa  85.5  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.54 
 
 
169 aa  85.5  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  38.51 
 
 
171 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  36.5 
 
 
172 aa  85.1  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  35.33 
 
 
172 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.97 
 
 
169 aa  84.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  34.44 
 
 
169 aa  84.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.13 
 
 
189 aa  84.7  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.72 
 
 
155 aa  84  7e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.67 
 
 
174 aa  84  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  35.33 
 
 
171 aa  84  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.23 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.3 
 
 
168 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  33.92 
 
 
440 aa  82.8  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  37.01 
 
 
170 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  36.24 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 
168 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.67 
 
 
189 aa  82  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.9 
 
 
169 aa  82  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  35.33 
 
 
178 aa  82  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  35.46 
 
 
194 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  32 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  32 
 
 
169 aa  81.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  34.69 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.69 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.67 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
168 aa  81.3  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  36.05 
 
 
196 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  34.69 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  34.69 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  34.69 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  36.77 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  34.06 
 
 
185 aa  80.9  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.27 
 
 
170 aa  80.9  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  34.69 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
168 aa  79.7  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.03 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.9 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  35.1 
 
 
171 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  35.33 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.67 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  35.19 
 
 
186 aa  79  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  34.9 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.62 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.45 
 
 
166 aa  77.8  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  34.25 
 
 
166 aa  77.8  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.67 
 
 
171 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.67 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>