More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3045 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  100 
 
 
182 aa  362  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.58 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
171 aa  91.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.97 
 
 
171 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.94 
 
 
167 aa  91.3  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.41 
 
 
165 aa  91.3  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
180 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.13 
 
 
180 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.62 
 
 
169 aa  86.7  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.06 
 
 
163 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  37.93 
 
 
236 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  36.59 
 
 
179 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.45 
 
 
188 aa  80.9  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.97 
 
 
169 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  35 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
227 aa  75.9  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.97 
 
 
195 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.53 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  36.62 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  36 
 
 
194 aa  74.3  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  32.22 
 
 
214 aa  73.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  30.19 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  32.43 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
197 aa  72  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  32.28 
 
 
183 aa  71.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.21 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
170 aa  70.5  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
165 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  30.86 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.57 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.32 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  31.98 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
168 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  32.37 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  32.93 
 
 
184 aa  68.2  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
167 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.13 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
164 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  32.43 
 
 
169 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  32.32 
 
 
188 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  35.07 
 
 
172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.17 
 
 
186 aa  67.4  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
174 aa  67  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
170 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  32.32 
 
 
196 aa  66.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  29.19 
 
 
160 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.78 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.27 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.82 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  33.57 
 
 
164 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
191 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  33.08 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
194 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  31.94 
 
 
170 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  32.26 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6568  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.86 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.307355  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.13 
 
 
233 aa  64.7  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0104382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.56 
 
 
197 aa  64.7  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  31.08 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  30.13 
 
 
187 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.69 
 
 
175 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
170 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 
191 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  30.99 
 
 
151 aa  63.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0708  RNA polymerase sigma-70 factor  25.33 
 
 
208 aa  63.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.236556  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1659  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.75 
 
 
203 aa  63.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.245812 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  25.45 
 
 
196 aa  64.3  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1503  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
218 aa  63.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000578022 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3998  RNA polymerase sigma-70 factor  26.25 
 
 
202 aa  63.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
173 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
162 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.61 
 
 
168 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
163 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.04 
 
 
157 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.16 
 
 
168 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.04 
 
 
178 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  28.48 
 
 
201 aa  62.8  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
159 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  32.47 
 
 
167 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.08 
 
 
180 aa  62  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.86 
 
 
194 aa  62  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.56 
 
 
168 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
192 aa  61.6  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.61 
 
 
180 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7184  transcriptional regulator, LuxR family  24.1 
 
 
212 aa  60.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
216 aa  60.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>