More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0929 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



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Plasmid clonability

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  100 
 
 
188 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  72.07 
 
 
194 aa  251  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  72.38 
 
 
191 aa  251  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  72.78 
 
 
191 aa  247  7e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  73.33 
 
 
165 aa  229  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  69.94 
 
 
195 aa  223  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  66.47 
 
 
194 aa  223  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  69.94 
 
 
181 aa  223  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  46.58 
 
 
165 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.58 
 
 
165 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.61 
 
 
171 aa  107  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.94 
 
 
175 aa  101  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.15 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
170 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  32.9 
 
 
166 aa  89.4  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.94 
 
 
193 aa  88.2  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.34 
 
 
173 aa  88.2  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
170 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.99 
 
 
165 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
173 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  32.26 
 
 
166 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  32.1 
 
 
172 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  35.67 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.53 
 
 
165 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.53 
 
 
161 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.39 
 
 
171 aa  82  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.91 
 
 
223 aa  81.6  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.77 
 
 
165 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.5 
 
 
175 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
162 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.88 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.3 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4780  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.09 
 
 
194 aa  79.7  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.62 
 
 
190 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.87 
 
 
227 aa  78.6  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
183 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.1 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.68 
 
 
176 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.45 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
173 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.68 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  31.54 
 
 
175 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.62 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3706  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.17 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.45 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.82 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1495  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.56 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.420653  normal  0.312522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.01 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  32.93 
 
 
187 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.48 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.91 
 
 
170 aa  74.7  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.9 
 
 
168 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  33.55 
 
 
166 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.82 
 
 
184 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.06 
 
 
176 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.95 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.37 
 
 
166 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  25.45 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.13 
 
 
169 aa  72  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.88 
 
 
165 aa  72.4  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.8 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  36.08 
 
 
184 aa  71.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
163 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
167 aa  71.6  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.29 
 
 
234 aa  71.6  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.83 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
203 aa  71.2  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.86 
 
 
206 aa  70.5  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.31 
 
 
169 aa  70.9  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  32.09 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.97 
 
 
193 aa  70.9  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000475224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  33.12 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.12 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.68 
 
 
223 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.85 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
159 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  31.87 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.23 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.57 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  30.67 
 
 
160 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  35.2 
 
 
440 aa  68.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.21 
 
 
168 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.21 
 
 
168 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  30.67 
 
 
196 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.21 
 
 
168 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1932  RNA polymerase sigma-70 factor  31.25 
 
 
195 aa  68.2  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.442091  normal  0.0192744 
 
 
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NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.38 
 
 
179 aa  68.2  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.01 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.67 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
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NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  27.16 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
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NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
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NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.56 
 
 
148 aa  67.8  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
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