More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5953 on replicon NC_010510
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
169 aa  337  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  58.93 
 
 
180 aa  193  9e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  58.93 
 
 
180 aa  193  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  59.64 
 
 
166 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  42.77 
 
 
175 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.76 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40 
 
 
175 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  39.04 
 
 
159 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 
182 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  36.2 
 
 
168 aa  95.9  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.84 
 
 
168 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
167 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
169 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 
164 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  37.16 
 
 
165 aa  90.9  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.1 
 
 
189 aa  88.6  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  37.01 
 
 
170 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.79 
 
 
188 aa  88.2  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.95 
 
 
168 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  38.62 
 
 
158 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  37.25 
 
 
170 aa  87  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.19 
 
 
169 aa  87  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  34.16 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.16 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
170 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  34.16 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  34.16 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  35.22 
 
 
172 aa  86.3  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  34.16 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.48 
 
 
170 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
169 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  36.99 
 
 
158 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.48 
 
 
170 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
187 aa  84.3  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  34.06 
 
 
169 aa  84  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.06 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.14 
 
 
160 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.13 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
158 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  31.06 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  36.88 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
170 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
168 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.87 
 
 
162 aa  80.9  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
167 aa  80.9  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.1 
 
 
165 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
167 aa  80.5  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.46 
 
 
158 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  34.67 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.62 
 
 
193 aa  79.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  37.72 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  33.56 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  34.27 
 
 
166 aa  79  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  30 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.39 
 
 
176 aa  77.4  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.37 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
167 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.33 
 
 
234 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.9 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
168 aa  77  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  36.11 
 
 
177 aa  77  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  29.01 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  34.72 
 
 
151 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.98 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.91 
 
 
172 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.21 
 
 
159 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.57 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.43 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
165 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  34.62 
 
 
182 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  32.05 
 
 
164 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.52 
 
 
168 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 
183 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  32.89 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.61 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.89 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  38.06 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  33.79 
 
 
179 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.64 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
169 aa  73.9  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>