More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3503 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
203 aa  409  1e-113  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.86 
 
 
186 aa  176  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.24 
 
 
193 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
194 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  36.3 
 
 
185 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
188 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  36.36 
 
 
196 aa  94  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.95 
 
 
195 aa  89.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.81 
 
 
189 aa  89  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  36.91 
 
 
159 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  37.82 
 
 
214 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.43 
 
 
169 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.21 
 
 
188 aa  74.3  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6157  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.76 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200683 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  35.11 
 
 
151 aa  72.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.07 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.34 
 
 
160 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.89 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  34.46 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.21 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.21 
 
 
374 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.83 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.57 
 
 
159 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
172 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.87 
 
 
374 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  35.11 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  34.06 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.44 
 
 
171 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.76 
 
 
172 aa  64.3  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
171 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.87 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.965307  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.9 
 
 
180 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.9 
 
 
180 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.97 
 
 
170 aa  63.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
173 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.58 
 
 
170 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
170 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
170 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
171 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  32.76 
 
 
213 aa  62  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
171 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.9 
 
 
169 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  32.09 
 
 
187 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.1 
 
 
158 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.3 
 
 
168 aa  61.2  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  34.62 
 
 
183 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.09 
 
 
170 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.19 
 
 
201 aa  60.5  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  29.11 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  29.11 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.87 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  29.37 
 
 
158 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26 
 
 
206 aa  60.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  29.11 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.85 
 
 
175 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  29.11 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.7 
 
 
191 aa  59.3  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3448  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.18 
 
 
184 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
202 aa  59.3  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0111085  normal  0.707125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
163 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1215  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.67 
 
 
187 aa  59.3  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  26.32 
 
 
176 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.54 
 
 
189 aa  58.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.99 
 
 
171 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2189  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
194 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00685131  hitchhiker  0.0000420752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  29.8 
 
 
187 aa  58.5  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1587  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.77 
 
 
199 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.387563 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
187 aa  58.5  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
170 aa  58.5  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
169 aa  58.2  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
198 aa  58.2  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
158 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  33.85 
 
 
194 aa  58.2  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  28.67 
 
 
158 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.49 
 
 
180 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2647  RNA polymerase sigma-70 factor  29.22 
 
 
192 aa  57.4  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 
171 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
169 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.79 
 
 
202 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  29.76 
 
 
186 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
186 aa  56.6  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.58 
 
 
166 aa  57  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.07 
 
 
207 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  31.01 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.87 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.66 
 
 
168 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
164 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  24.1 
 
 
193 aa  56.2  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.15 
 
 
174 aa  56.2  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.22 
 
 
180 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 
169 aa  56.2  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.4 
 
 
189 aa  56.6  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>