More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_25390 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  100 
 
 
234 aa  487  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  51.57 
 
 
159 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  49.68 
 
 
158 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  49.04 
 
 
158 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  50.32 
 
 
158 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  49.04 
 
 
158 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  49.36 
 
 
160 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  52.23 
 
 
159 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.54 
 
 
162 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  41.94 
 
 
166 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.54 
 
 
165 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.54 
 
 
165 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.54 
 
 
161 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  43.24 
 
 
166 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.26 
 
 
173 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 
374 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
374 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  36.65 
 
 
181 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.34 
 
 
161 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.21 
 
 
374 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.97 
 
 
170 aa  89.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.36 
 
 
166 aa  89  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.62 
 
 
175 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.35 
 
 
180 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
180 aa  89  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.75 
 
 
175 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  35.76 
 
 
174 aa  85.1  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.77 
 
 
175 aa  84  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.43 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
203 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  33.81 
 
 
168 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.52 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  36.73 
 
 
180 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.41 
 
 
172 aa  83.2  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.6 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.74 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.38 
 
 
185 aa  82.4  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.33 
 
 
166 aa  82  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.62 
 
 
178 aa  80.9  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  32.43 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.69 
 
 
169 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  30.34 
 
 
185 aa  79  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  36.09 
 
 
172 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.66 
 
 
155 aa  77.8  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.9 
 
 
165 aa  77  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
169 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.19 
 
 
171 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  35.03 
 
 
169 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  33.77 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.19 
 
 
171 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  33.85 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.9 
 
 
260 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  28 
 
 
214 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  34.69 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  31.37 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  34.35 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.52 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  34.09 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  31.41 
 
 
194 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.29 
 
 
189 aa  72.8  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  31.06 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
167 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.81 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  35.4 
 
 
440 aa  72.4  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  30.13 
 
 
166 aa  72  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.12 
 
 
180 aa  72  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.37 
 
 
172 aa  72  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  26.09 
 
 
173 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.09 
 
 
173 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  26.09 
 
 
173 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  26.09 
 
 
173 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.34 
 
 
168 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  26.09 
 
 
173 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  35.29 
 
 
188 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.83 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  34.16 
 
 
236 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 
174 aa  70.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  30.43 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 
188 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.07 
 
 
203 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  30.92 
 
 
166 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  36.18 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.19 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.71 
 
 
174 aa  69.3  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
172 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>