More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2124 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
162 aa  323  9e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.25 
 
 
197 aa  99.4  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40.13 
 
 
175 aa  98.2  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.13 
 
 
175 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
171 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
165 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  36.03 
 
 
185 aa  88.6  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  40.54 
 
 
173 aa  88.2  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  35.1 
 
 
165 aa  87.8  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.77 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  36.3 
 
 
189 aa  82.8  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.64 
 
 
169 aa  82  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.87 
 
 
169 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
190 aa  80.9  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
165 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.06 
 
 
168 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  39.22 
 
 
178 aa  79  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  37.42 
 
 
188 aa  77.8  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  35.26 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.74 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.87 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  35.42 
 
 
168 aa  75.1  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.62 
 
 
183 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.85 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.74 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.44 
 
 
175 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.21 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  36.75 
 
 
440 aa  71.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  33.55 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
167 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
203 aa  70.9  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  35.9 
 
 
158 aa  70.5  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.66 
 
 
169 aa  70.5  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.59 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.57 
 
 
196 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1932  RNA polymerase sigma-70 factor  31.21 
 
 
195 aa  68.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.442091  normal  0.0192744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.94 
 
 
191 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.89 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.56 
 
 
168 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  30.22 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
188 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.84 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  36.13 
 
 
196 aa  68.2  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
193 aa  67.8  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  32.05 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.93 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  36.77 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
172 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.62 
 
 
180 aa  67.4  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.29 
 
 
169 aa  67.4  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
182 aa  67.4  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
172 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
160 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  34.04 
 
 
196 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.99 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.81 
 
 
183 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.17 
 
 
187 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.41 
 
 
157 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
214 aa  65.5  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.38 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.97 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.23 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  35.03 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.06 
 
 
189 aa  65.5  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  28.38 
 
 
197 aa  65.1  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  35.19 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.57 
 
 
148 aa  65.1  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.59 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.08 
 
 
161 aa  65.1  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  32.69 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
250 aa  64.7  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
189 aa  64.3  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.87 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.87 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.27 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  32.21 
 
 
166 aa  63.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.27 
 
 
171 aa  63.9  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1616  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
184 aa  63.9  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0618359  normal  0.0178191 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  31.47 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.83 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  31.47 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  31.47 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  31.47 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  63.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>