More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4611 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
170 aa  346  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  92.07 
 
 
164 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  74.69 
 
 
167 aa  253  9e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  72.84 
 
 
168 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  75.64 
 
 
164 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  67.76 
 
 
169 aa  224  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  67.55 
 
 
169 aa  221  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.73 
 
 
169 aa  207  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  62.73 
 
 
169 aa  207  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.11 
 
 
169 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.11 
 
 
169 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.96 
 
 
169 aa  202  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  58.75 
 
 
169 aa  191  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  58.75 
 
 
169 aa  191  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  58.75 
 
 
169 aa  191  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  58.28 
 
 
169 aa  191  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  58.13 
 
 
169 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  58.13 
 
 
169 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  58.13 
 
 
169 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  58.13 
 
 
164 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4001  RNA polymerase sigma K factor  57.69 
 
 
169 aa  186  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108923  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  54.94 
 
 
170 aa  181  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.84 
 
 
168 aa  179  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  57.72 
 
 
157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  54.43 
 
 
168 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  59.35 
 
 
160 aa  169  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.28 
 
 
167 aa  166  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.57 
 
 
167 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  52.6 
 
 
169 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  50.94 
 
 
168 aa  165  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  52.67 
 
 
171 aa  161  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.43 
 
 
171 aa  160  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.88 
 
 
168 aa  159  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.97 
 
 
171 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  54.49 
 
 
175 aa  156  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.04 
 
 
169 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.33 
 
 
171 aa  154  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  49.66 
 
 
166 aa  154  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  45.78 
 
 
173 aa  152  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.78 
 
 
173 aa  152  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.1 
 
 
174 aa  153  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
170 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  45.78 
 
 
173 aa  152  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.03 
 
 
171 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  45.78 
 
 
173 aa  152  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  45.78 
 
 
173 aa  152  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.13 
 
 
171 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  47.27 
 
 
172 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  46.67 
 
 
172 aa  150  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.17 
 
 
182 aa  149  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.59 
 
 
170 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.56 
 
 
168 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.56 
 
 
170 aa  148  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  47.88 
 
 
182 aa  147  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.12 
 
 
168 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.06 
 
 
187 aa  147  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.02 
 
 
170 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  44.44 
 
 
179 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  47.06 
 
 
174 aa  146  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  46.45 
 
 
166 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.85 
 
 
176 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0180  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.85 
 
 
167 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553473  normal  0.734896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  45.75 
 
 
168 aa  141  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0181  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.21 
 
 
173 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.252415 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  46.54 
 
 
172 aa  142  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  47.17 
 
 
172 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.4 
 
 
174 aa  141  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.51 
 
 
171 aa  141  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  52.56 
 
 
173 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  43.64 
 
 
172 aa  138  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.7 
 
 
172 aa  138  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  39.88 
 
 
167 aa  137  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  43.03 
 
 
172 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  43.03 
 
 
172 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  44.12 
 
 
174 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  44.3 
 
 
168 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  43.03 
 
 
172 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  43.03 
 
 
172 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  42.48 
 
 
168 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.65 
 
 
168 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.55 
 
 
163 aa  135  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
168 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
168 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  42.48 
 
 
172 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
172 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.38 
 
 
168 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  43.21 
 
 
196 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  46.1 
 
 
180 aa  131  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.44 
 
 
169 aa  131  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.95 
 
 
172 aa  131  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5619  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
178 aa  131  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.3 
 
 
159 aa  129  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.85 
 
 
168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.14 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.79 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  45.62 
 
 
172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.230791  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  45.22 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2770  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  44.79 
 
 
172 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.58 
 
 
166 aa  128  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>