More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1832 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  100 
 
 
165 aa  335  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.71 
 
 
171 aa  112  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  38.18 
 
 
173 aa  108  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.46 
 
 
165 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.59 
 
 
175 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  36.42 
 
 
159 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.59 
 
 
175 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  38.22 
 
 
166 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.1 
 
 
165 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.16 
 
 
169 aa  90.9  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.88 
 
 
180 aa  90.5  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.88 
 
 
180 aa  90.5  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  90.1  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.77 
 
 
161 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
165 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.1 
 
 
162 aa  87.8  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
162 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  35.1 
 
 
158 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.81 
 
 
166 aa  87  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.67 
 
 
188 aa  85.9  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.61 
 
 
172 aa  85.1  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  37.66 
 
 
174 aa  84.3  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.21 
 
 
158 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.17 
 
 
171 aa  84  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
168 aa  84  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
178 aa  84  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.97 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
158 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.97 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
168 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.52 
 
 
171 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  36.18 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  32.05 
 
 
170 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  31.71 
 
 
374 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.38 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.31 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.71 
 
 
374 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
187 aa  80.5  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  36.84 
 
 
159 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  33.56 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  35.06 
 
 
166 aa  80.1  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
183 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.68 
 
 
179 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.58 
 
 
180 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.45 
 
 
165 aa  79  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  33.55 
 
 
168 aa  79  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
164 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.193061  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.82 
 
 
374 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  32.08 
 
 
169 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1419  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0340587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1506  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0804229  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.03 
 
 
168 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.65 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  32.28 
 
 
196 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
171 aa  77.8  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
169 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.42 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  32.21 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.9 
 
 
234 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  28.76 
 
 
185 aa  76.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.27 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  31.61 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
164 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.63 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
164 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.01 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 
171 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 
440 aa  75.1  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.427786  normal  0.0741559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
190 aa  75.1  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.64 
 
 
173 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
183 aa  75.1  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  28.67 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  28.67 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  31.54 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  28.67 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  28.67 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  31.13 
 
 
169 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.14 
 
 
157 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  32.21 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
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NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
194 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
178 aa  73.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
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NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  29.75 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
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NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  30.19 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
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