More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_5187 on replicon NC_010335
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
183 aa  370  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.81 
 
 
206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.74 
 
 
202 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.58 
 
 
171 aa  99  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.26 
 
 
180 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.26 
 
 
180 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.95 
 
 
201 aa  86.3  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.81 
 
 
190 aa  84.7  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.99 
 
 
175 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.29 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  39.02 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.42 
 
 
166 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.86 
 
 
188 aa  77  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.48 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  34.46 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.93 
 
 
179 aa  74.7  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.43 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40.94 
 
 
181 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.73 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  39.71 
 
 
194 aa  70.1  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  31.33 
 
 
440 aa  69.7  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.68 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  35.06 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
194 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.68 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
203 aa  67.8  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.46 
 
 
187 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
169 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.06 
 
 
171 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.42 
 
 
191 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.57 
 
 
165 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
197 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
148 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.81 
 
 
162 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
163 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.17 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  33.78 
 
 
188 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.49 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.29 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  34.78 
 
 
196 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  33.8 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.26 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  33.81 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  31.68 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.68 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  31.68 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  31.68 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  31.68 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.91 
 
 
166 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
176 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.17 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.83 
 
 
216 aa  63.2  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.91 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  32.41 
 
 
159 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  32.9 
 
 
183 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  36.3 
 
 
165 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
166 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.01 
 
 
172 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
165 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
170 aa  62.4  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  31.62 
 
 
169 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
170 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.81 
 
 
167 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.06 
 
 
170 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  30.49 
 
 
172 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
171 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
221 aa  60.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.87 
 
 
189 aa  60.5  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  30.38 
 
 
166 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  26.39 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
168 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  29.38 
 
 
168 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.39 
 
 
157 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.61 
 
 
171 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
158 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.32 
 
 
234 aa  59.3  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
166 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  32.85 
 
 
168 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.1 
 
 
168 aa  58.9  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
224 aa  58.9  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298553  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
172 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  29.66 
 
 
160 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  32.61 
 
 
169 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.61 
 
 
189 aa  58.5  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.37 
 
 
168 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>