More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1808 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
221 aa  437  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.85 
 
 
170 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1108  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.78 
 
 
173 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.41 
 
 
161 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
165 aa  97.1  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.41 
 
 
171 aa  89.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.58 
 
 
190 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
202 aa  85.5  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  37.16 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.58 
 
 
148 aa  80.9  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 
187 aa  81.3  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.54 
 
 
165 aa  78.2  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 
197 aa  74.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
173 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.67 
 
 
169 aa  72  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  31.55 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  34.67 
 
 
194 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.81 
 
 
169 aa  70.5  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
201 aa  70.5  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
183 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.67 
 
 
194 aa  69.3  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.92 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.57 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.04 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
174 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  34.75 
 
 
151 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  32.16 
 
 
188 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  26.47 
 
 
179 aa  67  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.84 
 
 
167 aa  67.4  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.71 
 
 
195 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.98 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  35.2 
 
 
172 aa  64.7  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  32 
 
 
171 aa  64.7  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
206 aa  64.7  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
166 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
165 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  33.1 
 
 
158 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
169 aa  62.4  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3664  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
166 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409178  normal  0.448138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  32.94 
 
 
171 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.31 
 
 
166 aa  62  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  29.26 
 
 
444 aa  62  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  31.22 
 
 
214 aa  61.6  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.55 
 
 
180 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.55 
 
 
175 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  35.07 
 
 
170 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  31.9 
 
 
187 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  34.97 
 
 
182 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.55 
 
 
180 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
176 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  27.22 
 
 
210 aa  60.1  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2067  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.38 
 
 
168 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
180 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
181 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.56 
 
 
167 aa  59.7  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
191 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  33.53 
 
 
374 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.06 
 
 
260 aa  59.3  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
194 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  28.74 
 
 
171 aa  59.3  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  31.68 
 
 
183 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
163 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  26.54 
 
 
173 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.54 
 
 
173 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.53 
 
 
374 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  26.9 
 
 
168 aa  58.9  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  26.54 
 
 
173 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  26.54 
 
 
173 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  26.54 
 
 
173 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
181 aa  58.5  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  34.18 
 
 
374 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
198 aa  58.5  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.35 
 
 
234 aa  58.5  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.9 
 
 
171 aa  58.2  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.9 
 
 
171 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.88 
 
 
162 aa  57.8  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.14 
 
 
165 aa  57.8  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  28.95 
 
 
158 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.68 
 
 
173 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  31.01 
 
 
193 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
193 aa  57.8  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
169 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.91 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.325011 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.48 
 
 
187 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.97 
 
 
160 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  28.28 
 
 
166 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  29.19 
 
 
179 aa  57.4  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.86 
 
 
196 aa  56.6  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  29.19 
 
 
172 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.55 
 
 
188 aa  56.6  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
165 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  30.97 
 
 
165 aa  55.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  30.57 
 
 
202 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.97 
 
 
175 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>