More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3752 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
181 aa  360  8e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  72.46 
 
 
177 aa  241  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.71 
 
 
174 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.76 
 
 
169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.18 
 
 
176 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.6 
 
 
176 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.95 
 
 
176 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.87 
 
 
187 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.87 
 
 
187 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.95 
 
 
176 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.87 
 
 
184 aa  94  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.57 
 
 
244 aa  92.8  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.84 
 
 
178 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.22 
 
 
222 aa  92.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.29 
 
 
222 aa  92.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.74 
 
 
222 aa  91.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.74 
 
 
222 aa  91.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.74 
 
 
222 aa  91.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.87 
 
 
178 aa  91.3  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.33 
 
 
159 aa  90.9  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.59 
 
 
218 aa  90.9  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.59 
 
 
207 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  35.44 
 
 
179 aa  89.4  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  89.4  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  88.6  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  88.6  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  88.6  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.13 
 
 
260 aa  89  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
237 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.34 
 
 
223 aa  88.2  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.96 
 
 
215 aa  87  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.5 
 
 
223 aa  85.9  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.78 
 
 
204 aa  80.9  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.76 
 
 
210 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  33.99 
 
 
171 aa  79  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.01 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  34.25 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
165 aa  77  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  34.01 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  27.71 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.71 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  27.71 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  27.71 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  27.71 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.94 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.03 
 
 
162 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  29.8 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  32 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.48 
 
 
175 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.57 
 
 
175 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 
165 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.39 
 
 
161 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.03 
 
 
165 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
194 aa  71.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.29 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  28.47 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3746  RNA polymerase sigma factor  31.9 
 
 
184 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.17 
 
 
173 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3699  sigma-24 (FecI-like)  27.81 
 
 
203 aa  67.8  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644917  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.98 
 
 
168 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5176  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.16 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  31.85 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.55 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.61 
 
 
157 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
170 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.21 
 
 
234 aa  65.1  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  30.41 
 
 
166 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
168 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.07 
 
 
166 aa  63.2  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  28.87 
 
 
193 aa  63.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.55 
 
 
180 aa  62.4  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0362  RNA polymerase sigma factor  29.71 
 
 
188 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.76 
 
 
172 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30.99 
 
 
214 aa  62  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  33.53 
 
 
183 aa  62  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5290  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.17 
 
 
194 aa  62  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.63 
 
 
180 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.85 
 
 
171 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37430  RNA polymerase sigma factor  26.54 
 
 
169 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.031593  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  31.13 
 
 
170 aa  60.8  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
171 aa  60.8  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  29.79 
 
 
160 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  33.59 
 
 
173 aa  61.2  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.95 
 
 
180 aa  60.8  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0303  RNA polymerase sigma-70 factor  27.16 
 
 
203 aa  60.1  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000168317 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
172 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.14 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.15 
 
 
158 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.88 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
203 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.17 
 
 
208 aa  60.1  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  30.08 
 
 
193 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>