265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2188 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
167 aa  334  3.9999999999999995e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.85 
 
 
166 aa  87.8  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  31.47 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.93 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.93 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  31.88 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  33.58 
 
 
194 aa  70.9  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.97 
 
 
169 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 
188 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.58 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.57 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.95 
 
 
185 aa  63.9  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.28 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  27.92 
 
 
196 aa  63.5  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.79 
 
 
175 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.75 
 
 
158 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.67 
 
 
188 aa  62  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
167 aa  61.2  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.88 
 
 
175 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  30.61 
 
 
178 aa  60.8  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
159 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.55 
 
 
201 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
160 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.08 
 
 
219 aa  58.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.37 
 
 
203 aa  59.3  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2829  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.39 
 
 
206 aa  58.9  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.52 
 
 
181 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  32.87 
 
 
374 aa  58.2  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.93 
 
 
171 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  33.8 
 
 
158 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.93 
 
 
173 aa  57  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  24.39 
 
 
192 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  31.65 
 
 
177 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1122  RNA polymerase sigma-70 factor  32.52 
 
 
194 aa  57  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00051341 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  30.77 
 
 
194 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.47 
 
 
374 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  30.94 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1808  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.84 
 
 
221 aa  56.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.05 
 
 
199 aa  55.8  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 
374 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  28.79 
 
 
174 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  29.33 
 
 
179 aa  55.5  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.1 
 
 
167 aa  55.1  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.72 
 
 
171 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2383  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
193 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  32.28 
 
 
184 aa  54.3  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.16 
 
 
195 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
223 aa  53.9  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.99 
 
 
158 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.88 
 
 
177 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
161 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.3 
 
 
205 aa  53.9  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.3 
 
 
205 aa  53.9  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2388  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.25 
 
 
193 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.832089  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.27 
 
 
169 aa  52.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.04 
 
 
168 aa  53.1  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.46 
 
 
159 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.37 
 
 
170 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.59 
 
 
170 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  32.68 
 
 
167 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
207 aa  52.4  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  30.08 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  30.43 
 
 
166 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.28 
 
 
158 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.94 
 
 
189 aa  52.4  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
180 aa  52  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1771  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
193 aa  52  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
173 aa  52  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.36 
 
 
191 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  30.37 
 
 
181 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  31.55 
 
 
171 aa  51.6  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  28.99 
 
 
183 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.77 
 
 
165 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
191 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.8 
 
 
174 aa  51.6  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  29.5 
 
 
164 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.47 
 
 
181 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  26.85 
 
 
188 aa  50.8  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
194 aa  50.8  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1388  sigma-24 (FecI)  28.57 
 
 
193 aa  50.8  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
187 aa  50.8  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  31.78 
 
 
168 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  27.03 
 
 
165 aa  50.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.23 
 
 
164 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  45.45 
 
 
171 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  22.93 
 
 
210 aa  50.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.4 
 
 
202 aa  50.1  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.15 
 
 
169 aa  50.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.72 
 
 
161 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
163 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
190 aa  50.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  34.11 
 
 
193 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.72 
 
 
165 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  33.11 
 
 
165 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
165 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6640  sigma-24 (FecI-like)  29.25 
 
 
194 aa  48.9  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.246115  normal  0.0651062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.09 
 
 
199 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.71 
 
 
174 aa  48.9  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>