More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2816 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  100 
 
 
192 aa  397  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60 
 
 
201 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  54.49 
 
 
210 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  40.66 
 
 
185 aa  139  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  39.78 
 
 
189 aa  135  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.29 
 
 
196 aa  123  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.01 
 
 
188 aa  122  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.88 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.49 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.1 
 
 
175 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.89 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.85 
 
 
195 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.28 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  27.34 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.21 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  27.7 
 
 
194 aa  67  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.75 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  29.55 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.97 
 
 
173 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.71 
 
 
186 aa  63.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.07 
 
 
170 aa  64.3  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
166 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
159 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
158 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.55 
 
 
163 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.17 
 
 
171 aa  62.4  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  27.56 
 
 
158 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.11 
 
 
170 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  30 
 
 
166 aa  61.6  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.37 
 
 
169 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.04 
 
 
170 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.04 
 
 
170 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 
160 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.04 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.94 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  28.39 
 
 
187 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  30.82 
 
 
188 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
194 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  26.24 
 
 
151 aa  58.5  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  28.48 
 
 
170 aa  58.5  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  25.75 
 
 
172 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.6 
 
 
165 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.46 
 
 
188 aa  58.2  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  29.92 
 
 
166 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  27.39 
 
 
184 aa  58.2  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
169 aa  57.8  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.39 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
193 aa  57.4  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.46 
 
 
162 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  29.85 
 
 
374 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6157  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.14 
 
 
188 aa  57.8  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200683 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.3 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.46 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0432  sigma-70 region 2 domain-containing protein  28.24 
 
 
292 aa  57.4  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.320521  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  26.32 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
165 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.07 
 
 
374 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.87 
 
 
374 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.77 
 
 
159 aa  56.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3121  transcriptional regulator, LuxR family  28.77 
 
 
180 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.766027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  29.11 
 
 
166 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  28.21 
 
 
168 aa  55.8  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.5 
 
 
176 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.47 
 
 
185 aa  55.1  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.01 
 
 
189 aa  54.7  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
161 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.94 
 
 
155 aa  53.9  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.37 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 
165 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3848  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.17 
 
 
292 aa  53.9  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
194 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.86 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.95 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.48 
 
 
166 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.78 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  27.97 
 
 
159 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0285  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 
292 aa  53.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.143728 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.6 
 
 
215 aa  53.1  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.56 
 
 
187 aa  52.8  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  28.24 
 
 
167 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2850  RNA polymerase sigma-70 factor  32.58 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.105417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.2 
 
 
167 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
168 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3172  sigma-70 region 2 domain-containing protein  26.28 
 
 
292 aa  52.8  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.24 
 
 
174 aa  52.8  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.05 
 
 
191 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
174 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.72 
 
 
168 aa  52  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
171 aa  52  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.46 
 
 
167 aa  52  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.3 
 
 
181 aa  52  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.92 
 
 
180 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  24.05 
 
 
165 aa  52  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  24.16 
 
 
214 aa  52  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18120  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  25.4 
 
 
299 aa  52  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.77 
 
 
167 aa  52  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  28.19 
 
 
169 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  25.45 
 
 
183 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>