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for query gene PputGB1_0909 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
165 aa  342  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  94.55 
 
 
165 aa  322  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  94.41 
 
 
161 aa  315  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  91.93 
 
 
162 aa  308  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  69.75 
 
 
166 aa  244  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  59.87 
 
 
166 aa  191  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  43.54 
 
 
234 aa  114  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  41.61 
 
 
158 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  40.54 
 
 
160 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
158 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
158 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  39.86 
 
 
159 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  38.78 
 
 
158 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  41.22 
 
 
159 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  42.11 
 
 
180 aa  100  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  35.1 
 
 
165 aa  92.4  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
172 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  38.51 
 
 
172 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  36.73 
 
 
174 aa  89  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  34.21 
 
 
179 aa  88.6  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0849  RNA polymerase sigma factor  36.99 
 
 
169 aa  87.8  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121371  normal  0.75783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
175 aa  87.8  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
169 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  36.99 
 
 
188 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.69 
 
 
160 aa  85.9  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
175 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  35.22 
 
 
168 aa  85.5  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
185 aa  85.1  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.47 
 
 
175 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  35.86 
 
 
194 aa  85.5  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  35.86 
 
 
169 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  36.24 
 
 
172 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  33.14 
 
 
374 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
374 aa  84  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  35.29 
 
 
174 aa  84  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  35.57 
 
 
172 aa  84  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  35.57 
 
 
172 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.1 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  35.17 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  34.18 
 
 
171 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.22 
 
 
175 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  33.72 
 
 
374 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
172 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  35.58 
 
 
440 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.03 
 
 
170 aa  82  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.93 
 
 
169 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  35.03 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.24 
 
 
195 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  35.42 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.24 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
174 aa  80.1  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.9 
 
 
157 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  36.6 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
171 aa  79.7  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  32.65 
 
 
168 aa  79.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  34.01 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.73 
 
 
210 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.82 
 
 
155 aa  77.4  0.00000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.03 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  34.9 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1935  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.020135 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1051  sigma-24 (FecI)  33.56 
 
 
178 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.13 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3126  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.21 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
166 aa  76.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.06 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
169 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.57 
 
 
191 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
169 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.24 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.06 
 
 
176 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  31.94 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  33.8 
 
 
175 aa  74.7  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  33.33 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  34.38 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  30.83 
 
 
185 aa  74.7  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.67 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  30.92 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.92 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  30.92 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  30.92 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  32.45 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.81 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  30.92 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
165 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.43 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.57 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
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