More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0243 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  100 
 
 
189 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.59 
 
 
188 aa  221  7e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  53.01 
 
 
185 aa  206  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  52.85 
 
 
196 aa  203  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  39.78 
 
 
192 aa  135  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.51 
 
 
201 aa  122  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.67 
 
 
210 aa  119  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.81 
 
 
203 aa  89  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
158 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  35.66 
 
 
173 aa  85.5  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
185 aa  83.6  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.41 
 
 
171 aa  84.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  30.67 
 
 
159 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
162 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.28 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
206 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.43 
 
 
234 aa  80.9  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
160 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  33.1 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  29.07 
 
 
194 aa  80.1  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  33.82 
 
 
151 aa  79.3  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  30.63 
 
 
158 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  28.92 
 
 
170 aa  78.6  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.62 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.71 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.71 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
193 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  30.72 
 
 
172 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.58 
 
 
175 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 
165 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
189 aa  76.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  29.61 
 
 
214 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  32.82 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.49 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  30.43 
 
 
180 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.35 
 
 
188 aa  73.9  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.47 
 
 
167 aa  73.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.9 
 
 
181 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.91 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.11 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.38 
 
 
162 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.76 
 
 
171 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.47 
 
 
173 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.32 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.12 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.63 
 
 
171 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.2 
 
 
161 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.2 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.71 
 
 
166 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
172 aa  70.9  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.86 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  33.07 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
164 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.25 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 
186 aa  67.8  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
165 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  28.26 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.08 
 
 
163 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.55 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  26.54 
 
 
164 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
191 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30 
 
 
160 aa  65.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  27.17 
 
 
187 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  31.08 
 
 
183 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  29.5 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.91 
 
 
246 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.91 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.69 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.16 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.05 
 
 
195 aa  64.3  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  29.45 
 
 
171 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  29.5 
 
 
172 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  26.54 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  28.85 
 
 
188 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.56 
 
 
175 aa  63.2  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
173 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  28.68 
 
 
168 aa  62.4  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  26.72 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.2 
 
 
170 aa  62.4  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  28.78 
 
 
172 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  26.76 
 
 
167 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  28.78 
 
 
172 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.87 
 
 
167 aa  61.6  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
176 aa  61.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  27.01 
 
 
172 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.06 
 
 
168 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  28.57 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.62 
 
 
182 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  34.72 
 
 
193 aa  60.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  29.33 
 
 
165 aa  60.5  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>