More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03904 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  100 
 
 
196 aa  411  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  52.85 
 
 
189 aa  203  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.6 
 
 
188 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  49.4 
 
 
185 aa  180  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  35.29 
 
 
192 aa  123  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
201 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
203 aa  94  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02747  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  27.62 
 
 
210 aa  87.8  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
206 aa  87  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
194 aa  84.3  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  31.97 
 
 
158 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
186 aa  82.8  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
170 aa  81.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 
159 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.1 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
158 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.69 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.3 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.86 
 
 
171 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.27 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
180 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
180 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.66 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
170 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.87 
 
 
193 aa  73.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.48 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.61 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.12 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.88 
 
 
159 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  32.08 
 
 
172 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  31.13 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  28.78 
 
 
168 aa  71.2  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
164 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  27.67 
 
 
194 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  30.36 
 
 
170 aa  71.2  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.61 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  30.2 
 
 
151 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.65 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.88 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.66 
 
 
185 aa  69.3  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.39 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.57 
 
 
162 aa  68.9  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1040  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
167 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.86 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  27.04 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.17 
 
 
189 aa  68.6  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.12 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.36 
 
 
168 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1209  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.32 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.21 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  30.06 
 
 
214 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.63 
 
 
173 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  25.64 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 
175 aa  65.5  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.31 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  27.17 
 
 
172 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  32.87 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  31.62 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  26.58 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.58 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  26.58 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  26.58 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  26.58 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.52 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  26.51 
 
 
187 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  25.45 
 
 
182 aa  64.3  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1218  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.43 
 
 
227 aa  64.3  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
163 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  29.29 
 
 
374 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.31 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2188  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.92 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.652193  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  26.53 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.26 
 
 
203 aa  63.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.911085  normal  0.605829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.36 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  26.9 
 
 
178 aa  63.5  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.86 
 
 
187 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.17 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  27.95 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
198 aa  63.2  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.86 
 
 
162 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.81 
 
 
165 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.14 
 
 
191 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  25.61 
 
 
188 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  25.79 
 
 
195 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.39 
 
 
168 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 
159 aa  62  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
172 aa  62  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.92 
 
 
202 aa  62  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.81 
 
 
174 aa  61.6  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  25.29 
 
 
166 aa  61.6  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6157  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
188 aa  61.6  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200683 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.79 
 
 
171 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.22 
 
 
178 aa  61.6  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  26.45 
 
 
166 aa  61.6  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  29.76 
 
 
165 aa  61.6  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  29.45 
 
 
193 aa  61.6  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>