More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2979 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
170 aa  342  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.61 
 
 
171 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  40.76 
 
 
159 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.97 
 
 
234 aa  100  9e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  37.27 
 
 
158 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.4 
 
 
158 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  37.89 
 
 
159 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
158 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  35.85 
 
 
374 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.59 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.59 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 
158 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
169 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.66 
 
 
227 aa  78.2  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  34.13 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.61 
 
 
160 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  37.97 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  30.97 
 
 
185 aa  75.5  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  34.97 
 
 
183 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.58 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.52 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.42 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  30.87 
 
 
189 aa  72  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
182 aa  71.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.09 
 
 
173 aa  70.9  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  33.73 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.72 
 
 
169 aa  70.5  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  30 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.9 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.52 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  29.88 
 
 
167 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.71 
 
 
187 aa  68.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  32.74 
 
 
214 aa  68.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.46 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2436  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 
180 aa  67.8  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  29.09 
 
 
168 aa  67.8  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
172 aa  67.4  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.52 
 
 
162 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.25 
 
 
161 aa  67.4  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  32.12 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 
203 aa  67  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3555  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.83 
 
 
198 aa  66.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0411582  normal  0.0246778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.69 
 
 
161 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0995  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.52 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  27.78 
 
 
164 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  30.97 
 
 
173 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.88 
 
 
203 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  32.93 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
203 aa  65.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.911085  normal  0.605829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.71 
 
 
157 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  31.9 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  29.45 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  29.03 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.1 
 
 
185 aa  65.1  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  28.48 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.52 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  29.41 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.41 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  29.41 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.3 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4715  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.84 
 
 
221 aa  63.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.722326  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  30.82 
 
 
151 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.92 
 
 
184 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  34.44 
 
 
172 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  29.41 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  29.41 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.48 
 
 
197 aa  63.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  32.53 
 
 
166 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  30.19 
 
 
172 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.71 
 
 
168 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
170 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
169 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
194 aa  62.4  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.99 
 
 
178 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.47 
 
 
170 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.22 
 
 
186 aa  62.4  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.66 
 
 
176 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  32.03 
 
 
175 aa  62.4  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
170 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  32.1 
 
 
166 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.66 
 
 
176 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.66 
 
 
176 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.11 
 
 
168 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  27.88 
 
 
169 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.66 
 
 
168 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
174 aa  61.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.12 
 
 
166 aa  61.6  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.46 
 
 
181 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.03 
 
 
165 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.91 
 
 
181 aa  60.8  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.3 
 
 
175 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>