More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2143 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
174 aa  343  6e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  54.27 
 
 
174 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  54.27 
 
 
246 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  50.33 
 
 
174 aa  137  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  41.33 
 
 
169 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.88 
 
 
182 aa  110  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  40.4 
 
 
194 aa  105  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  32.73 
 
 
168 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.42 
 
 
181 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.21 
 
 
175 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.72 
 
 
181 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  31.74 
 
 
196 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.52 
 
 
168 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 
161 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  33.54 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.33 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.67 
 
 
162 aa  73.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.61 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.78 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.78 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
165 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  32.67 
 
 
234 aa  70.9  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  32.89 
 
 
186 aa  71.2  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
158 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.12 
 
 
165 aa  69.7  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.97 
 
 
171 aa  68.9  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.5 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.38 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.91 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.91 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  32.21 
 
 
180 aa  68.6  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
174 aa  67.8  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  32.67 
 
 
183 aa  67.8  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4345  sigma-24 (FecI)  30 
 
 
181 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  25.33 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.33 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  25.33 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  25.33 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  25.33 
 
 
173 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
163 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.38 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.22 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.59 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  33.85 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  28.38 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  30.86 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.85 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  29.05 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
178 aa  65.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
159 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.39 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.78 
 
 
165 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.26 
 
 
158 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  30.46 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  29.27 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01100  ECF sigma factor, FecI family  27.65 
 
 
176 aa  64.7  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678701  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  32.45 
 
 
202 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  28.57 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  30.82 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  29.55 
 
 
195 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4750  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
199 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135059  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.89 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1359  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.86 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  25 
 
 
168 aa  63.2  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  30.2 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.86 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0123  sigma-24 (FecI)  29.93 
 
 
182 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  31.82 
 
 
183 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  28 
 
 
183 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  25.93 
 
 
178 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  26.22 
 
 
164 aa  62  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13460  RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 
169 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0861545  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.29 
 
 
185 aa  62  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  25.48 
 
 
178 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4502  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 
169 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0212205  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
169 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.15 
 
 
176 aa  61.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3733  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
207 aa  61.2  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.06 
 
 
166 aa  61.2  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  25.45 
 
 
167 aa  60.8  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  27.89 
 
 
164 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
161 aa  60.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
165 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.28 
 
 
180 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  33.76 
 
 
196 aa  60.5  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1182  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324595  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  28.68 
 
 
166 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.85 
 
 
167 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 
169 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0728748  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.29 
 
 
171 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  28.19 
 
 
170 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.45 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>